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根据《增值税暂行条例实施细则》第二十一条和《营业税改征增值税试点实施办法》(财税[2016]36号附件一)第二十七条第一款第(一)项中,对纳税人购进的固定资产、不动产同时用于多种增值税项目的(一般计税项目、简易计税项目、免税项目、集体福利或者个人消费),其进项税额准予从销项税额中全额抵扣。《增值税暂行条例实施细则》第二十一条规定,“条例第十条第(一)项所称购进货物,不包括既用于增值税应税项目(不含免征增值税项目)也用于非增值税应税项目、免征增值税(以下简称免税)项目、集体福利或者个人消费的固定资产。
另,根据《财政部、国家税务总局关于印发<农业产品征税范围注释>的通知》的规定,《中华人民共和国增值税暂行条例》第十六条所列免税项目的第一项所称的"农业生产者销售的自产农业产品",是指直接从事植物的种植,收割和动物的饲养,捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品。
同时,《国家税务总局关于生猪生产流通过程中有关税收问题的通知》(国税发[1999]113号)第三条规定,农业生产者销售自己饲养的生猪免缴增值税,非农业生产者销售生猪应当按照规定征收增值税,税务机关不得以任何理由擅自改变纳税环节让农业生产者缴纳或代缴生猪增值税。
综上,由于农业生产者(生猪养殖公司)销售自产生猪免征增值税,故,购进的货物或固定自产专用于免税项目的,其进项税额不得抵扣,如果购进的固定资产或货物发生混用情形,即,可以抵扣进项。