1.对于一般重组来说，视作正常的资产和股权之间的买卖，要按照公允价值确认收入，并以公允价值确定计税基础，从而确认所得和损失。
2.对于特殊重组来说，没有缴纳过企业所得税的部分没有计税基础的地位，也就是我们股权转让不确认所得的部分，由于没有缴纳过企业所得税，要以被收购企业资产的原计税基础确认取得股权的计税基础，现金支付的部分要确认所得和损失。即，我们以股权和现金占总支付金额的比例对被收购企业的资产进行划分，被收购企业资产原计税基础中，相当于股权占全部支付金额比例的部分要以原计税基础确认，而对于现金占全部支付金额比例的部分，要用现金金额减去该部分的原计税基础确认所得，并缴纳企业所得税。
希望帮助到你。

提交资料的要求不同
适用特殊性税务处理规定的重组，当事各方应提交书面资料备案适用一般性税务处理规定的重组，当事各方应准备相关资料备查。
第一，适用特殊性税务处理的企业因重组业务完成时间不同，区分以下几种情况处理。
对2011年完成重组的企业，发生符合规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，按办法的相关规定向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。对办法发布前即2010年7月26日前企业已经完成重组业务的，如适用特殊性税务处理，应按办法规定补备相关资料，需要税务机关确认的，按照办法要求补充确认。
对2011年尚未完成重组，但是重组为涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度的，如当事各方在第一步交易完成时预计整个交易可以符合特殊性税务处理条件，经协商一致选择特殊性税务处理的，可在第一步交易完成后，按办法规定提交相关资料备案。
第二，适用一般性税务处理规定的企业区分以下情况处理。
对2011年完成重组并选择适用一般性税务处理的企业，应按办法规定准备资料以备税务机关检查。应注意的是，根据办法第十四条的规定，企业分立并且被分立企业不再继续存在时，应按规定进行清算。被分立企业在报送《企业清算所得纳税申报表》时，应一并附送工商部门或其他政府部门的批准文件和被分立企业全部资产的计税基础以及评估机构出具的资产评估报告等资料。
对2011年尚未完成重组，但是重组为涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度的，如当事各方在2011年度不能预计整个交易是否符合特殊性税务处理条件，应统一适用一般性税务处理并准备相关资料备查。
未享受完的税收优惠规定不同
适用特殊性处理规定的合并(分立)企业可以承继被合并(分立)企业未享受完的税收优惠，适用一般性税务处理规定的合并(分立)企业仅就存续企业未享受完的税收优惠继续执行。
根据通知及办法的规定，适用特殊性处理的合并(分立)，凡属于依照企业所得税法第五十七条规定中就企业整体(即全部生产经营所得)享受税收优惠过渡政策的，合并或分立后的企业性质及适用税收优惠条件未发生改变的，可以继续享受合并前各企业或分立前被分立企业剩余期限的税收优惠。合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，再分别按相应的剩余优惠计算应纳税额。
适用一般性税务处理的企业合并(分立)，合并或分立各方企业涉及享受企业所得税法第五十七条规定中的税收优惠过渡政策尚未期满的，仅就存续企业未享受完的税收优惠继续执行。注销的被合并或被分立企业未享受完的税收优惠，不再由存续企业承继，合并或分立而新设的企业不得再承继或重新享受上述优惠。具体是指：在企业吸收合并中，合并后的存续企业可以继续享受合并前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按存续企业合并前一年的应纳税所得额(亏损计为零)计算。在企业存续分立中，分立后的存续企业可以继续享受分立前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按该企业分立前一年的应纳税所得额(亏损计为零)乘以分立后存续企业资产占分立前该企业全部资产的比例计算。
需要注意的是，就合并前，各企业或分立前被分立企业按照企业所得税法的税收优惠规定，以及税收优惠过渡政策中就有关生产经营项目所得享受的税收优惠承继处理问题，特殊性税务处理和一般性税务处理的原则是一致的，即在减免税期限内的，受让项目的存续企业自受让之日起，可以在剩余期限内享受规定的减免税优惠。
亏损弥补的规定不同
适用特殊性处理规定的合并(分立)企业可以继续弥补被合并(分立)企业未超过法定弥补期限的亏损额，适用一般性税务处理规定的合并(分立)企业亏损不得在企业间结转弥补。
根据通知及办法的规定，适用特殊性处理的合并，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额(每年)=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。可见，适用特殊性税务处理的企业合并，需要结转弥补亏损的，被合并企业净资产公允价值还需要由企业提供相关评估报告等证明资料。适用特殊性税务处理的企业分立，被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。
适用一般性税务处理的合并(分立)亏损不得在企业间结转弥补。
企业重组涉及的其他税种及政策规定
除企业所得税外，企业重组主要涉及增值税、营业税和土地增值税。国家税务总局公告2011年第13号文件和国家税务总局公告2011年第51号文件规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。
对于土地增值税，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]第48号)规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令[1993]第138号)规定，企业分立涉及的土地所有权转移不属于土地增值税征税范围，并非被分立企业将土地转让给新成立企业，而是被分立企业的股东将该资产换股。