新疆维吾尔自治区国家税务局设2个直属机构，级别为正处级。
 
　　稽查局
　　负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理、执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。
 
　　直属税务局
　　负责全区国税系统石油税收的征收管理；负责全区国税系统石油税收的政策管理和政策调研工作；负责制定全区石油税收的征收管理办法；负责对所属机构石油税收政策和具体征管办法执行情况的检查；负责对跨地区石油增值税划拨入库工作进行审批；负责对石油税收的征收入库和跨地区石油增值税税款的划拨入库工作进行检查；负责对石油税收的税源进行监控，对石油税收计划完成情况进行考核管理；负责协调跨地（州、市）涉油地区国税局之间的工作关系及石油征收管理范围的界定；负责协调石油企业与跨地区石油税收重大问题的工作关系；负责石油税收业务培训工作。
 
　　直属税务局下设南疆直属税务分局、北疆直属税务分局、东疆直属税务分局，级别为正科级。

 
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