根据职责要求，甘肃地税局设13个内设机构：
 
　　办公室
　　负责文电、会务、机要、档案、办公自动化、机关财务等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、工作督查、政务公开、对外接待、新闻发布等工作。
 
　　人事处
　　负责全系统[*{a}*]班子和干部队伍建设；负责全系统干部人事、劳动工资、津贴补贴、机构编制管理等工作；负责全系统人事编制信息化建设；负责出国（境）审查、审批工作；负责系统内巡视工作；负责省局机关离退休干部管理工作；指导全系统离退休干部工作。
 
　　法规处
　　负责地方税收综合政策、法规、规章和重要税收工作文稿的起草、审核工作；监督检查税收法规的执行情况；办理税务行政诉讼和行政复议；负责重大涉税案件的审理；负责各税种减免税审核管理工作。
 
　　营业税处
　　负责营业税、城市维护建设税、教育费附加、散装水泥基金、甘肃教育费附加、文化事业建设费等税、费政策研究及征收管理工作；负责所管税种减免税政策的贯彻落实。
 
　　财产和行为税处
　　负责资源税、城镇土地使用税、车船税、房产税、印花税、土地增值税、固定资产投资方向调节税、契税、烟叶税、耕地占用税等税种税收政策研究及征收管理工作；负责所管税种减免税政策的贯彻落实。
 
　　所得税处
　　负责企业所得税、个人所得税政策研究及征收管理工作；负责所管税种减免税政策的贯彻落实；负责组织所得税汇算清缴。
 
　　国际税务处
　　负责指导全省涉外企业税收征管和税政业务；负责涉外企业税收优惠政策的贯彻落实；负责贯彻执行我国与有关国家签订的税收协定，负责情报交换工作；组织开展反避税工作。
 
　　社会保险费管理处
　　负责养老保险、失业保险、医疗保险、工伤保险、生育保险、工会经费、残疾人就业保障金等基金、费的征收管理工作；负责年度征缴计划的协调和收入情况的计、会、统工作。
 
　　征管和科技发展处
　　组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法，研究提出完善地方税收征管规程的建议；负责税收征管数据管理和应用、纳税评估，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税控器具推广应用等工作；组织落实税收管理员制度；制定完善税收执法责任制、行政管理责任制考核指标体系并组织实施；组织落实税收管理信息化建设规划、方案、制度；整合税收管理信息化建设职责，组织实施金税工程建设。
 
　　纳税服务处
　　组织、协调和指导全系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作，完善纳税服务体系建设；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉，指导税收争议的调解；负责税务登记、纳税申报、信用等级评定工作；负责税法宣传及面向纳税人的政务公开工作。
 
　　收入规划核算处
　　负责组织税收收入、重点税源监控、税收分析和预测、税款缴纳入库以及税收会计、统计、税收数据管理应用和票证管理工作；编制全省地方税收的长远规划和年度税收计划，调度分析各地税收计划的执行情况；组织完成税收资料调查工作；负责系统经费、财务预决算、固定资产、财产、基建、服装、装备管理工作；负责系统政府采购工作；负责组织和实施系统内部审计和[*{a}*]干部任期经济责任审计、离任审计工作；完善内控机制和监督制约机制。
 
　　基层工作处
　　负责全系统思想政治工作、精神文明建设，指导市、县两级地方税务局机关党群工作；负责系统内先进集体、先进个人的评选表彰工作；负责市、县两级地方税务局及税务所（分局）管理制度建设；负责省局对外网站的管理工作。
 
　　政策研究处
　　负责起草向省委、省政府和国家税务总局报送的综合业务报告、综合调研报告；承担全省地税工作会议报告、有关重要讲话和文稿的起草任务；负责地方税收调研课题的研究、上报；组织、协调、管理全系统调研工作；负责组织研究全省地税系统中长期税收工作规划。
 
　　机关党委
　　负责机关和直属单位的党群工作。

 
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