环境保护税的开征,必然涉及由不同部门负责实施的环境管理体系和税收征管体系,前者以保护环境为目标,后者则以实现财政收入为主要目标。两者应相互支持配合、互相协同共进。征税部门通过征收环境保护税,有助于遏制环境污染行为,实现环保意图。但征税部门与污染者之间存在着信息不对称,且缺乏生产方面的专业知识和核实企业耗费环境资源情况的技术能力,需要环保部门提供支持,以确定环境保护税税种、税率、税基等。
 
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