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问题解答:
A、限售股和二级市场上购买的股票都属于有价证券，根据财税[2016]36 号文附件一的相关规定，企业转让限售股和二级市场上购买的股票按金融商品转让，以卖出价扣除买入价后的余额为销售额，缴纳 6%税率的增值税。另外，企业转让限售股和二级市场上购买的股票，以转让收入扣除股票原值和合理税费后的余额为转让所得，缴纳企业所得税。
B、根据财税[2016]36 号文附件二的相关规定：“金融商品转让，不得开具增值税专用发票。”所以，企业转让限售股和二级市场上购买的股票，其进项是不可以抵扣的。
__________
相关规定：
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36 号)
附件 1：营业税改征增值税试点实施办法
4、金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。
附件 2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。
金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后 36 个月内不得变更。金融商品转让，不得开具增值税专用发票。
B、根据财税[2016]36 号文附件二的相关规定：“金融商品转让，不得开具增值税专用发票。”所以，企业转让限售股和二级市场上购买的股票，其进项是不可以抵扣的。
__________
相关规定：
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36 号)
附件 1：营业税改征增值税试点实施办法
4、金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。
附件 2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。
金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后 36 个月内不得变更。金融商品转让，不得开具增值税专用发票。
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