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问题解答:
答：根据财税[2020]31号第一条规定，注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，如果总机构设在海南自由贸易港的，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构的所得，适用15%税率缴纳企业所得税；如果仅分支机构设在海南自由贸易港的，那么仅分支机构在海南自由贸易港的所得，适用15%税率缴纳企业所得税。
由于贵司属于鼓励类产业企业并实质性运营，那么贵司设在海南自由贸易港的分支机构可以适用15%税率缴纳企业所得税，但北京的总公司不得适用15%税率缴纳企业所得税。
__________
相关规定：
《财政部税务总局关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税[2020]31号）
一、对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税。
本条所称鼓励类产业企业，是指以海南自由贸易港鼓励类产业目录中规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额60%以上的企业。所称实质性运营，是指企业的实际管理机构设在海南自由贸易港，并对企业生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制。对不符合实质性运营的企业，不得享受优惠。
海南自由贸易港鼓励类产业目录包括《产业结构调整指导目录（2019年本）》、《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》和海南自由贸易港新增鼓励类产业目录。上述目录在本通知执行期限内修订的，自修订版实施之日起按新版本执行。
对总机构设在海南自由贸易港的符合条件的企业，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构的所得，适用15%税率；对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港内的符合条件的分支机构的所得，适用15%税率。具体征管办法按照税务总局有关规定执行。
由于贵司属于鼓励类产业企业并实质性运营，那么贵司设在海南自由贸易港的分支机构可以适用15%税率缴纳企业所得税，但北京的总公司不得适用15%税率缴纳企业所得税。
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相关规定：
《财政部税务总局关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税[2020]31号）
一、对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税。
本条所称鼓励类产业企业，是指以海南自由贸易港鼓励类产业目录中规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额60%以上的企业。所称实质性运营，是指企业的实际管理机构设在海南自由贸易港，并对企业生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制。对不符合实质性运营的企业，不得享受优惠。
海南自由贸易港鼓励类产业目录包括《产业结构调整指导目录（2019年本）》、《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》和海南自由贸易港新增鼓励类产业目录。上述目录在本通知执行期限内修订的，自修订版实施之日起按新版本执行。
对总机构设在海南自由贸易港的符合条件的企业，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构的所得，适用15%税率；对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港内的符合条件的分支机构的所得，适用15%税率。具体征管办法按照税务总局有关规定执行。
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