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问题解答:
根据财税[2016]36号文附件3以及财政部税务总局公告2020年第40号相关规定，政府征收土地，并向企业（即土地使用者）支付不动产补偿费以及附属设施补偿金的行为，属于将土地使用权归还给土地所有者的行为，免征增值税。
因此，贵司因商铺被政府征收而收到的补偿款，属于将土地使用权归还给土地所有者的行为，免征增值税。
————
相关规定：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》
一、下列项目免征增值税
（三十七）土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。
《财政部税务总局关于明确无偿转让股票等增值税政策的公告》（财政部税务总局公告2020年第40号）
三、土地所有者依法征收土地，并向土地使用者支付土地及其相关有形动产、不动产补偿费的行为，属于《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》(财税[2016]36号印发)第一条第(三十七)项规定的土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的情形。
因此，贵司因商铺被政府征收而收到的补偿款，属于将土地使用权归还给土地所有者的行为，免征增值税。
————
相关规定：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》
一、下列项目免征增值税
（三十七）土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。
《财政部税务总局关于明确无偿转让股票等增值税政策的公告》（财政部税务总局公告2020年第40号）
三、土地所有者依法征收土地，并向土地使用者支付土地及其相关有形动产、不动产补偿费的行为，属于《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》(财税[2016]36号印发)第一条第(三十七)项规定的土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的情形。
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