纳税人如果既有留抵税金又有欠税的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。根据国税发[2004]112 号第一条及国税函[2005]169 号的第一条规定，同时国税函[2004]1197 号的规定，当纳税人既有增值税留抵税额，又欠缴增值税而需要抵减的，应由县(含)以上税务机关填开《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》(以下简称《通知书》。由此可知，如果贵司有留抵税金需要抵减欠缴的增值税，则应由县(含)以上税务机关填开《通知书》。另，该文件第二条提出，抵缴的欠税包含呆账税金及欠税滞纳金。

　　综上，贵司如果既有留抵税金又有欠缴增值税的，应以期末留抵税额抵减欠缴的增值税，同时可以抵减因欠缴增值税而产生的滞纳金，并取得《通知书》企业与税局留存各一份。

　　相关规定：

　　《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发[2004]112 号 )

　　一、对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。

　　《国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税问题的批复》(国税函[2005]169 号)

　　一、增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可按照《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发[2004]112 号)的规定，用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。

　　《国家税务总局关于增值税进项留抵税额抵减增值税欠税有关处理事项的通知》(国税函[2004]1197 号)

　　一、关于税务文书的填开当纳税人既有增值税留抵税额，又欠缴增值税而需要抵减的，应由县(含)以上税务机关填开《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》(以下简称《通知书》，式样见附件)一式两份，纳税人、主管税务机关各一份。

　　二、关于抵减金额的确定。抵减欠缴税款时，应按欠税发生时间逐笔抵扣，先发生的先抵。抵缴的欠税包含呆账税金及欠税滞纳金。确定实际抵减金额时，按填开《通知书》的日期作为截止期，计算欠缴税款的应缴未缴滞纳金金额，应缴未缴滞纳金金额加欠税金额为欠缴总额。若欠缴总额大于期末留抵税额，实际抵减金额应等于期末留抵税额，并按配比方法计算抵减的欠税和滞纳金;若欠缴总额小于期末留抵税额，实际抵减金额应等于欠缴总额。