根据财税[2011]100号文的规定，软件企业增值税的即征即退是指增值税一般纳税人销售软件产品的对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。而非独立核算的分公司只有满足是增值税一般纳税人的情况下，销售软件产品，并且取得省级软件产业主管部门认可的软件检测机构出具的检测证明材料;软件产业主管部门颁发的《软件产品登记证书》或著作权行政管理部门颁发的《计算机软件著作权登记证书》等条件后，才可以享受软件企业增值税的即征即退。

　　综上，分公司是否独立核算不影响增值税即征即退政策的享受，而是看分公司是否属于增值税

　　一般纳税人，是否能够符合软件产品的资料等条件。

　　补充说明：分公司是否独立核算更多影响的是企业所得税征管。

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　　相关规定：

　　《财政部国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税[2011]100号）

　　一、软件产品增值税政策

　　(一)增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。

　　(二)增值税一般纳税人将进口软件产品进行本地化改造后对外销售，其销售的软件产品可享受本条第一款规定的增值税即征即退政策。

　　本地化改造是指对进口软件产品进行重新设计、改进、转换等，单纯对进口软件产品进行汉字化处理不包括在内。

　　(三)纳税人受托开发软件产品，著作权属于受托方的征收增值税，著作权属于委托方或属于双方共同拥有的不征收增值税;对经过国家版权局注册登记，纳税人在销售时一并转让著作权、所有权的，不征收增值税。

　　二、软件产品界定及分类

　　本通知所称软件产品，是指信息处理程序及相关文档和数据。软件产品包括计算机软件产品、信息系统和嵌入式软件产品。嵌入式软件产品是指嵌入在计算机硬件、机器设备中并随其一并销售，构成计算机硬件、机器设备组成部分的软件产品。

　　三、满足下列条件的软件产品，经主管税务机关审核批准，可以享受本通知规定的增值税政策：

　　1.取得省级软件产业主管部门认可的软件检测机构出具的检测证明材料;

　　2.取得软件产业主管部门颁发的《软件产品登记证书》或著作权行政管理部门颁发的《计算机软件著作权登记证书》。