根据财税[2017]90号第二条规定，因办理退票而产生的退票费和手续费，属于现代服务中的其他现代服务，并不属于财政部税务总局海关总署公告2019年第39号规定是国内旅客运输服务，因此，贵司产生的退票费和手续费即使取得行程单也不允许计算抵扣进项税额。

　　但是，如果贵司能够取得航空代理公司开具的增值税专用发票，那么允许按照发票注明的税额抵扣进项税额。

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　　相关规定：

　　《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）

　　六、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。

　　（一）纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照以下规定确定进项税额：

　　1.取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额；

　　2.取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额：

　　航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%

　　《财政部税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税[2017]90号）

　　二、自2018年1月1日起，纳税人已售票但客户逾期未消费取得的运输逾期票证收入，按照“交通运输服务”缴纳增值税。纳税人为客户办理退票而向客户收取的退票费、手续费等收入，按照“其他现代服务”缴纳增值税。