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根据国家税务总局公告2016年第73号第一条规定,纳税人转让不动产,按照有关规定差额缴纳增值税的,如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票,可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料,进行差额扣除。又根据《国家税务总局关于发布<纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第14号)第八条规定,纳税人按规定从取得的全部价款和价外费用中扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价的,应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证。否则,不得扣除。
上述凭证是指:
(一)税务部门监制的发票。
(二)法院判决书、裁定书、调解书,以及仲裁裁决书、公证债权文书。
(三)国家税务总局规定的其他凭证。
综上所述,由于贵司发票丢失,并且也无法向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料,因此,贵司不允许差额扣除。故,贵司作为一般纳税人,需要按照9%税率缴纳增值税。
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相关规定:
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件1:《营业税改征增值税试点实施办法》
第十五条增值税税率:
(一)纳税人发生应税行为,除本条第(二)项、第(三)项、第(四)项规定外,税率为6%。
(二)提供交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务,销售不动产,转让土地使用权,税率为9%。
《国家税务总局关于纳税人转让不动产缴纳增值税差额扣除有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第73号)
一、纳税人转让不动产,按照有关规定差额缴纳增值税的,如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票,可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料,进行差额扣除。
三、纳税人同时保留取得不动产时的发票和其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料的,应当凭发票进行差额扣除。