套利交易虽然理论上比单边交易风险低，但其风险亦不可低估。以股票价差套利为例，虽然股票价差套利交易风险一般很低，但仍存在出现极端价格变动导致风险大幅提高的可能，特别是在金融危机导致价格波动加剧的时期。如果保证金占用过多，杠杆过大，价格剧烈波动时也容易出现保证金不足的情况。
 
　　正因为存在各种实际操作中的风险，套利交易在某些市场上才未能充分进行。阻碍套利充分进行的因素统称为“套利的限制因素”。
 
　　通常两到三笔交易无法严格同时成交，因此存在套利组合部分成交而部分暴露于价格波动的可能，及平仓时无法确保成交于获利价位的可能。
 
　　不同市场交易时间不同也给套利者带来了风险。例如套利者发现了IBM公司的股票价格在NYSE与LSE存在可获利价差，但是他无法在两个交易所同时完成组合操作，因NYSE与LSE交易时段不一致。

 
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