套利交易虽然理论上比单边交易风险低，但其风险亦不可低估。以股票价差套利为例，虽然股票价差套利交易风险一般很低，但仍存在出现极端价格变动导致风险大幅提高的可能，特别是在金融危机导致价格波动加剧的时期。如果保证金占用过多，杠杆过大，价格剧烈波动时也容易出现保证金不足的情况。
 
　　正因为存在各种实际操作中的风险，套利交易在某些市场上才未能充分进行。阻碍套利充分进行的因素统称为“套利的限制因素”。
 
　　套利交易的另一个风险来自同时买卖的对象价格关系失效。套利者也许相信某对资产之间存在密切的价格关联性，他卖空价格被高估的资产，买入价格被低估的资产，希望未来资产价差缩小来获利，但套利者的判断可能失误，资产组合的价格关联性也会因为市场波动而长期失效，并使此类套利交易面临超出预期的风险。比如上述提到的套利稳赢至尊博彩公司的套利者，被该公司发现后，套利的资金被稳赢至尊全部收回。

 
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