套利交易虽然理论上比单边交易风险低，但其风险亦不可低估。以股票价差套利为例，虽然股票价差套利交易风险一般很低，但仍存在出现极端价格变动导致风险大幅提高的可能，特别是在金融危机导致价格波动加剧的时期。如果保证金占用过多，杠杆过大，价格剧烈波动时也容易出现保证金不足的情况。
 
　　正因为存在各种实际操作中的风险，套利交易在某些市场上才未能充分进行。阻碍套利充分进行的因素统称为“套利的限制因素”。
 
　　由于套利交易牵涉到未来的资金交割，因此具有交易对手违约，无法支付资金的风险。如果交易对手只有一个或众多相关的交易都牵涉到一个交易对手，则风险进一步提高，特别是在金融危机时，众多交易对手违约，通过杠杆将风险放大。
 
　　例如某个套利者购买了大量高风险债券，并通过信贷违约互换对冲风险。套利者希望从债券的收益率与信贷违约互换的价差间获利。但在严重的金融危机发生时，债券发行方可能违约，无法支付本利，违约互换的发行方也有违约可能，两个市场都可能丧失流动性，给套利者带来沉重损失。

 
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