套利交易虽然理论上比单边交易风险低，但其风险亦不可低估。以股票价差套利为例，虽然股票价差套利交易风险一般很低，但仍存在出现极端价格变动导致风险大幅提高的可能，特别是在金融危机导致价格波动加剧的时期。如果保证金占用过多，杠杆过大，价格剧烈波动时也容易出现保证金不足的情况。
 
　　正因为存在各种实际操作中的风险，套利交易在某些市场上才未能充分进行。阻碍套利充分进行的因素统称为“套利的限制因素”。
 
　　长期资本管理公司（LTCM）的固定收益债券套利策略在1998年9月造成了46亿美元的损失。LTCM的策略为做空美国国债与其他国家国债的价差。例如，意大利国债期货的价格短期内通常低于美国国债期货价格，因为意大利国债的风险较美国国债高，需要以更高的收益率即更低的价格出售。但长期看来两者价差将缩小。由于国债间价差变动通常不大，LTCM需要大量借款、提高杠杆来从微小的价差变动中获利。
 
　　LTCM的策略失败始自1998年8月17日的俄罗斯债务违约事件。

 
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