套利交易虽然理论上比单边交易风险低，但其风险亦不可低估。以股票价差套利为例，虽然股票价差套利交易风险一般很低，但仍存在出现极端价格变动导致风险大幅提高的可能，特别是在金融危机导致价格波动加剧的时期。如果保证金占用过多，杠杆过大，价格剧烈波动时也容易出现保证金不足的情况。
 
　　正因为存在各种实际操作中的风险，套利交易在某些市场上才未能充分进行。阻碍套利充分进行的因素统称为“套利的限制因素”。
 
　　“市场处在非理性状态的时间可能远长于你有足够资金的时间”—凯恩斯正向套利者可以被视为赌价差回归“正常值”者。如果资产组合相关性违背预期，即正常比价或差价关系未能恢复，甚至进一步偏离常值，或保证金要求提高，套利者可能面临资金流动性不足的风险。历史上很多套利者在价差回归常值之前即用尽保证金且无法及时借款补充，即使价差最终回归到获利区间，套利者还是有可能以交易亏损告终。实际上，正向套利者的操作形同卖出自己保持资金充裕能力的看跌期权。
 
　　在金融危机时各种资产的价格的关联关系都可能被打破，因为投资者争相将资金由风险资产（如股票、期权）转向安全资产（美国政府债券或银行存款），资金流向逆转，流动性降低使借助杠杆的投资者在面临*5的风险之时发现筹集资金也变得最为困难。

 
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