存根联滞留发票形成的原因是多方面的。从大量的实践数据分析，主要有以下几个方面：
 
　　一是按照政策规定不允许抵扣进项税额。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，纳税人取得的六种情况下的购进货物的进项税不允许抵扣，如常见的购进固定资产、购进的货物用于职工福利。由于不能抵扣进项税，所以取得的增值税专用发票没有通过认证系统进行认证，形成了滞留票。
 
　　二是发生退货或销售折让，销货方开具红字专用发票。购货方将抵扣联、存根联退还给销货方，而销货方已将记帐联作帐务处理，同时开具了相同内容的红字专用发票。在这种情形下，销货方已报税，抵扣联已退回销货方，也形成滞留票。
 
　　三是纳税人主动放弃进项税发票抵扣权。部分企业在经营过程中为少缴税款，经常采取销售产品（商品）不记账的方式隐匿销售收入，如果将进项税额全部抵扣，那将会出现零负申报或低税负申报，极易被各级税务机关列为重点评估或稽查对象。另外，如果将购进货物进项会计核算，销售不记账，账面上存货等科目余额将非常大，必然为税务人员留下查账的线索。因此，企业一般采取“体外循环”的战术，将销售时不需开具增值税专用发票的购销业务，均不进行核算或单设一套帐核算。在公开帐薄中只核算一部分收入，然后根据配比原则确定进项税额。从账簿上，收入、成本、费用及税金等对应比例恰当，会计科目数字勾稽关系准确，没有异常，但实际上全部进行了按比例的压缩这种情况下，如果对企业的生产经营状况没有深入的了解，是较难发现的。
 
　　四是防伪税控企业开具电脑发票时，未对发票号码、购方税号、金额、税额等票面内容进行认真核实，导致发票错号开具或开具有误发票；当月作废发票未在微机上进行作废处理；未按规定开具负数发票，发票打印不清或错位；对销售对象划分不清，致使不应开具专用发票的情况开具了专用发票，如将发票开具给小规模纳税人。
 
　　五是防伪税控企业未按规定的时间和要求到税务机关进行抄报税，抄税过程由于误操作造成数据丢失或不应列入采集范围的普通发票采集到报税系统中，造成报税系统信息接收不全或接收到错误信息。
 
　　六是购货企业未将本单位相关信息及时、准确告知销方企业，取得的专用发票抵扣联未按规定的时间拿到税务机关认证，特别是不具备抵扣条件的抵扣联认证不及时或不送交税务机关认证。因为产品的重量、质量、价格等出现变化，销售方收回开具的专用发票抵扣联和发票联后，开具红字项发票冲减销售收入后按核实后的金额重新开具专用发票，这样就造成了原开具的专用发票因未认证而滞留。
 
　　七是增值税交叉稽核系统、认证系统、报税系统中一般纳税人档案信息采集不全，部分信息采集有误，企业发生变更、注销等事项时未在三系统中进行相应修改或修改不同步。
 
　　八是在认证报税过程中，操作人员的疏忽导致采集数据有误或漏采集。如将非一般纳税人取得的发票进行了认证，或将非防伪税控发票进行了认证，报税接收数据未和企业实际用票情况进行认真核对。
 
　　九是由于某些客观因素造成抵扣联超过180日认证期限未认证。未认证，也未抵扣，已作费用入帐。
 
　　十是纳税人在已取消一般纳税人资格或停止抵扣进项税额期间取得专用发票等情况，也会形成滞留票。
 
　　除以上原因外，还有不是该单位购进的货物，是别人冒用该单位的名称进的货物，所以取得的增值税专用发票不认证抵扣。
 
　　十一、购货方由于无力支付货款，销货方将货物发出并开具专用发票，但购货方不能及时支付货款，销货方未将已开具的发票交给购货方，因超期未认证形成滞留票。
 
　　十二、购货方企业业务员（或其他人员）以购货方企业名义购进货物，未经告知购货方企业私自将货物销售。
 
　　事实上，大部分稽核系统滞留的发票存根联数据是有问题的，相当多存根联滞留发票的背后都与账外经营有关。在目前防伪税控系统覆盖所有增值税一般纳税人，稽核、协查系统高效运行的情况下，与通过“假票抵扣”、“真票虚开”多抵扣税款的偷税手段相比，主动放弃进项发票抵扣权的新的偷税方式，更具有隐蔽性，更容易造成税款流失。

 
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