善意取得虚开增值税专用发票是否允许税前扣除？

问：2013年某企业与相关客户（交易对方）进行了真实的多项业务交易活动，但在不知情的情况下，善意取得了对方出具的假发票，在企业重新取得真实合法凭证（发票）的前提下，是否允许税前扣除成本？
答：《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第六条关于企业提供有效凭证时间问题规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条关于以前年度发生应扣未扣支出的税务处理问题规定，根据《税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。
企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。
参考《合肥市国家税务局2013年度企业所得税汇算清缴常见问题解答及常见差错提醒》规定：
11.企业善意取得的虚假的增值税专用发票，是否允许税前扣除成本？
答：根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
根据《发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
综合上述文件规定，企业善意取得虚开的增值税专用发票的相关费用或货物成本，不得在税前扣除；但如果能重新按规定取得增值税专用发票，其相关的费用或货物成本，可在税前扣除。
根据上述规定，企业善意取得虚开的增值税专用发票的相关费用或货物成本，不得在税前扣除；但如果能重新按规定取得增值税专用发票，其相关的费用或货物成本，可在税前扣除。在汇算清缴期内取得的，应可在当期所得税前扣除，在汇算清缴期后取得的，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。
但个别地方有不同规定，还请进一步咨询主管税务机关的执行口径：
《北京市地方税务局关于企业因善意取得虚开增值税专用发票有关企业所得税处理问题的批复》（京地税企〔2003〕114号）规定：
你局《关于某公司因善意取得虚开增值税专用发票有关企业所得税处理问题的请示》（密地税企〔2002〕202号）收悉。根据市局《关于印发北京市地方企业所得税税前扣除办法的通知》（京地税企〔2000〕445号）规定，经研究，现批复如下：
北京XXX公司在2001年7月从广东某公司购进商品，货款5872978.75元，增值税进项税额998406.39元，价税合计6871385.14元，所有货款于2001年9月支付完毕。
凡企业属于善意取得虚开增值税专用发票的，在企业所得税有关存货的计税成本方面，允许纳税人因善意取得虚开增值税专用发票而不能抵扣的进项税额增大其存货成本。