增值税发票可否作为总承包人差额征收营业税的合法有效凭证？

问：我单位总包工程2000万元，分包1000万元与其他公司，分包单位属门窗安装，分包单位按规定是增值税与营业税分别核算缴纳，开给我单位发票有增值税发票700万元，建安发票300万元，我公司差额是按1000万元（2000-1000）计算还是按1700万元（2000-300）计算缴纳营业税？
答：《营业税暂行条例》第五条规定，纳税人的营业额为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产收取的全部价款和价外费用。但是，下列情形除外：
……
（三）纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额；
……
第六条规定，纳税人按照本条例第五条规定扣除有关项目，取得的凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，该项目金额不得扣除。
《营业税暂行条例实施细则》第十九条规定，条例第六条所称符合国务院税务主管部门有关规定的凭证（以下统称合法有效凭证），是指：
（一）支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；
对于提供扣除凭证，各地可能有不同的要求，以下地方政策供参考：
《新疆维吾尔自治区地税局关于建筑工程总分包业务差额征收营业税有关问题的通知》（新地税发〔2010〕150号）*9条规定，对建筑业总承包人将建筑工程分包给提供建筑劳务并销售自产货物的单位纳税人时，以总承包人取得的全部价款和价外费用减去其支付给分包人的分包工程价款的差额为营业额征收营业税。
第二条规定，总承包人取得的合法有效凭证为分包单位提供的发票和完税凭证（复印件），包括货物销售发票及增值税完税凭证（复印件）和建筑业统一发票及营业税完税凭证（复印件）。对分包单位提供的自产货物销售发票必须经应税劳务发生地主管国税部门审核确认后方能作为总承包人差额征收营业税的合法有效凭证。
《广东省地方税务局关于纳税人销售自产货物并同时提供建筑业劳务有关税收征收管理问题的通知》（穗地税函〔2011〕104号）第五条关于对总承包（或分包）纳税人扣除分包营业额问题规定，对总承包（或分包）纳税人将工程分包给从事自产货物的单位，凭以下资料扣除其支付给从事自产货物单位的分包工程款：
（一）销售自产货物同时提供建筑业劳务的合同；
（二）承包单位机构所在地主管国家税务机关出具的“从事货物生产证明”复印件；
（三）承包单位开具的自产货物增值税发票（抵扣联或发票联）；
（四）承包单位开具的建筑劳务价款《建筑业统一发票》。
总承包（或分包）纳税人扣除的自产货物和建筑劳务价款之和不得超过其支付给从事自产货物单位的分包工程款。