附条件的股权转让如何扣缴个人所得税？

问：某公司收购另一家公司个人股，假设原始成本500万元，协议收购价1000万元。双方约定分期付款，首期付款500万元在办理工商变更时支付，第二期付款在次年12月末，如果标的公司当年未实现1000万元利润，股权款扣减300万元，达到目标按原条件支付尾款。应如何计算扣缴个人所得税？扣缴时点为何时？
答：《个人所得税法》第三条第五款规定，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
第六条第五款规定，财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
《个人所得税法实施条例》第八条规定，财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
第十九条规定，税法第六条*9款第五项所说的财产原值，是指：（一）有价证券，为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用；（五）其他财产，参照以上方法确定。纳税义务人未提供完整、准确的财产原值凭证，不能正确计算财产原值的，由主管税务机关核定其财产原值。第二十条规定，税法第六条*9款第五项所说的合理费用，是指卖出财产时按照规定支付的有关费用。
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）*9条规定，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
第二条规定，股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》（表格式样和联次由各省地税机关自行设计）并向主管税务机关申报。
第四条规定，税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。
对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号）*9条规定，自然人转让所投资企业股权（份）（以下简称股权转让）取得所得，按照公平交易价格计算并确定计税依据。
计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用本公告列举的方法核定。
第二条规定，计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法：
（一）符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：
1.申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
2.申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；
3.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；
4.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；
5.经主管税务机关认定的其他情形。
（二）本条*9项所称正当理由，是指以下情形：
1.所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；
2.因国家政策调整的原因而低价转让股权；
3.将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
4.经主管税务机关认定的其他合理情形。
第三条规定，对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
（一）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
（二）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
（三）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
（四）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
参考《海南省地方税务局关于发布自然人股权转让个人所得税管理办法（试行）的公告》（海南省地方税务局公告2014年第18号）第九条规定，申报时尚未全额取得股权转让收入的，扣缴义务人或纳税人应全额申报并缴纳个人所得税。
根据上述规定，股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，向主管税务机关申报缴纳个人所得税。自然人股权转让取得所得，按照公平交易价格计算并确定计税依据。计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定计税依据。因此，上述个人转让股权行为，如果标的公司次年未实现1000万利润，股权款扣减300万，不属于“正当理由”情形，若股权转让协议价1000万元为公平交易价格，则应以1000万元税依据，减去股权原值和合理费用后，适用20%税率计算个人所得税，若1000万元不是公平交易价格，则税务有权按上述规定核定计税依据。