如何确定高新技术企业异地分公司的适用税率？

问：某企业是2012年度认定的高新技术企业，在进行高新技术认定时，有关的收入及研发费用均包含异地的分公司，总分公司企业所得税汇总缴纳。
问题1、异地分公司预缴企业所得税时是否适用15%高新技术企业税率？
2、《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十八条规定，总机构和分支机构处于不同税率地区是否包括此情况？
答：《国家税务总局关于高新技术企业2008年度缴纳企业所得税问题的通知》（国税函〔2008〕985号）规定，对经认定已取得‘高新技术企业证书’的企业，各级税务机关要按《国家税务总局关于企业所得税减免税管理问题的通知》（国税发〔2008〕111号）的规定，及时按15%的税率办理税款预缴。
《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函〔2009〕203号）第四条规定，四、认定（复审）合格的高新技术企业，自认定（复审）批准的有效期当年开始，可申请享受企业所得税优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，可持 “高新技术企业证书”及其复印件和有关资料，向主管税务机关申请办理减免税手续。手续办理完毕后，高新技术企业可按15%的税率进行所得税预缴申报或享受过渡性税收优惠。
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第十八条规定，对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
根据上述规定，高新技术企业是按法人（包括其分支机构）来进行认定的，其在预缴所得税时可以按15%的税率进行所得税预缴申报。在进行总分机构汇总纳税预缴时，分支机构处在不同税率地区的，也是由总机构统一计算全部应纳税所得额，再进行分摊，计算划分不同地区的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算应纳税总额，然后再进行一次分摊，最后各自就地缴纳税款。