购车已经挂牌后发现开票有误如何处理？

问：我公司在1月份购买了一辆车，开具了“机动车销售统一发票”，当月也给车辆办理了挂牌手续（发票未到税务局认证）。2月份去认证抵扣时，发现在“身份证号码/组织机构代码证”一栏中开成了组织机构代码证号码了，没按规定开税务登记证号，造成发票无法认证。因为，车辆已经挂牌，发票栏次无法收全（缺少2张），无法开具冲红。
请问应如何办理才能挽回损失？
答：《国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》（国税发〔2008〕117号）第三条规定，机动车零售企业向增值税一般纳税人销售机动车的，机动车销售统一发票“身份证号码/组织机构代码”栏统一填写购买方纳税人识别号，向其他企业或个人销售机动车的，仍按照《国家税务总局关于使用新版机动车销售统一发票有关问题的通知》（国税函〔2006〕479号）规定填写。
第六条规定，税控系统开具的机动车销售统一发票的认证、稽核比对和异常发票的审核检查工作比照增值税专用发票有关规定执行。涉嫌偷骗税并达到立案标准的，连同相关证据材料按第三类问题登记台账后移送稽查局查处。
《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发〔2007〕18号）*9条规定，增值税一般纳税人开具增值税专用发票后，发生销货退回、销售折让以及开票有误等情况需要开具红字专用发票的，视不同情况分别按以下办法处理：
（一）因专用发票抵扣联、发票联均无法认证的，由购买方填报《开具红字增值税专用发票申请单》，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具《开具红字增值税专用发票通知单》。购买方不作进项税额转出处理。
《车辆购置税征收管理办法》第三条规定，《机动车销售统一发票》在纳税人办理车购税申报时，其“报税联”需由车购税分局留存。
根据上述规定，税控系统开具的机动车销售统一发票的认证、稽核比对和异常发票的审核检查工作比照增值税专用发票有关规定执行。鉴于车辆购置税征收管理办法规定“报税联”需由车购税分局留存，至企业无法按规定开具红字发票，目前无进一步明确规定，各地执行政策不一，以下政策供参考，还请进一步咨询主管税务机关具体操作办法。
参考《河北省石家庄市国家税务局关于税控系统开具机动车销售发票后换票有关问题的通知》（石国税函〔2009〕38号）规定，近期，部分征收局反映，有个别已纳入税控系统的机动车零售企业，在向增值税一般纳税人企业开具机动车销售统一发票时，将发票“身份证号码/组织机构代码”栏的内容错误地填写成企业的组织机构代码，从而导致纳税人取得发票后无法正常认证、不能抵扣。
经与车辆注册登记管理部门协商，原注册登记联无法退回的，可由车管所开具制式证明代替，并将重新开具的机动车销售统一发票的注册登记联也交由车辆注册登记单位留存，与原注册登记联一同备案。
针对这种情况，各车辆购置税征收部门，可以将机动车销售统一发票的报税联原件交与纳税人，留存复印件，并要求纳税人将新开具的发票报税联报送留存，同时附简要文字说明。
为有效解决以上问题，市局特作以下要求，请遵照执行：
一、对已经发生的开票错误问题，按以下办法解决。
（一）在开票当月发现的，可将全部联次收齐，做作废处理后重新等额开具相应的发票；
（二）跨月发现发票开具错误，而且机动车销售商已将记账联入账，已经完成纳税申报的，可以通过开具红字发票（负数发票）后再等额开具正数发票的办法解决。针对这种情况，机动车销售商要将记账联以外的其他五联收齐（车辆注册登记管理机构出具的制式证明与注册联复印件代替注册联原件），并附原发票已计收入的证明，作为开具红字发票（负数发票）的依据，再重新等额开具相应的正数发票。