如何理解非居民企业“转让其拥有的居民企业股权”中“拥有”的股权？

问：日本企业A，拥有日本企业B的100%股权，拥有香港企业C的99.99%股权，C拥有内地企业D的100%股权。现在企业A将“拥有香港企业C的99.99%股权”转让给企业B。
问题：1、上述股权转让是否涉及特殊重组？
2、如何理解《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）中“非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权”中的“拥有”，能否是间接持有股权？
答：1、《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）第五条规定，境外投资方（实际控制方）间接转让中国居民企业股权，如果被转让的境外控股公司所在国（地区）实际税负低于12.5%或者对其居民境外所得不征所得税的，应自股权转让合同签订之日起30日内，向被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供以下资料：
……
第六条规定，境外投资方（实际控制方）通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在。
根据上述规定，日本企业A将持有香港企业C的99.99%股权转让给日本企业B，由于香港企业C持有内地D公司100%股权，日本企业A属于间接转让境内企业D公司的股权。
按照香港税务局《税务条例释义及执行指引》的规定，香港对其居民企业的境外所得不征收所得税。日本企业C与日本企业B签订的转让香港C企业股权协议，应自合同签订之日起30日内，向境内企业D所在地主管税务机关提供相关资料。
如果该转让属于日本企业A滥用组织形式等安排，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，境内D企业的主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在，对日本企业A间接转让境内D企业股权所得在境内缴纳企业所得税。否则，日本企业A不需在境内申报缴纳企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第七条规定，企业所得税法第三条所称来源于中国境内、境外的所得，按照以下原则确定：
（三）转让财产所得，不动产转让所得按照不动产所在地确定，动产转让所得按照转让动产的企业或者机构、场所所在地确定，权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定；
因此，日本企业A除适用国税函〔2009〕698号文件第六条规定以外，其转让香港企业C股权的所得属于来源于中国境外的所得。《企业所得税法》第二条第三款规定，非居民企业，是指依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。日本企业A不属于非居民企业，不属于企业所得税的纳税人。该股权转让不适用财税〕2009〕59号文件规定，更不涉及特殊性税务处理规定。
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）*9条规定，本通知所称企业重组，是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。
因此，日本企业A适用国税函〔2009〕698号文件第六条规定的，日本企业应在境内申报缴纳企业所得税，此时日本企业A转让香港企业C的股权，不属于企业重组行为，不适用财税〔2009〕59号文件规定。
2、《财政部、国家税务总关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第七条规定，企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除应符合本通知第五条规定的条件外，还应同时符合下列条件，才可选择适用特殊性税务处理规定：
（一）非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；
因此，上述“转让其拥有的居民企业股权”的“拥有”，是指直接拥有，不包括间接拥有情况。