购货清单未按规定取得是否影响进项税额抵扣？

问：按照国税发〔2006〕156号文件第十二条规定：“一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》），并加盖财务专用章或者发票专用章。”但我单位在实际操作的过程中因操作人员和采购人员对该条规定的无知，在实际采购货物时，取得了部分手工填开的《销售货物或者提供应税劳务清单》，财务人员也将该部分进项税发票进行了认证抵扣。在本次的税务稽查中，税务机关提出了该项问题，并要求我单位对该部分进项税做转出处理。请问，在双方交易真实的情况下，仅仅因为填开的《销售货物或者提供应税劳务清单》不规范而取得的进项税发票其增值税是否能够抵扣？如果转出是否应当按日加收万分之五的滞纳金？
答：国家税务总局《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十二条规定，一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者发票专用章。
《增值税暂行条例》第九条规定，纳税人购进货物或者应税劳务，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
根据以上规定，贵公司取得增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，进项税额不得从销项税额中抵扣。涉及补缴税款的，应按照以上规定缴纳滞纳金。