如何正确处理出口货物运输费发票？

问：我公司是一般纳税人，是对外承包工程公司，国内主要为国外购买、发运设备物资，国内无销售业务。我单位视同外贸企业享受出口退税政策。
问题1、我公司在申请退税时，出口的货物根据税法规定的相应的退税率，有的货物（这种货物每月很少）出口退税率有零，还有的货物出口是免征增值税，我公司这种退税办法是属于税法规定的哪一种？
2、我公司取得的国际、国内运输业专用发票是否必须要进行认证？认证后是否“都”能抵扣？如果不能，我公司是否可以直接取得增值税（运输业）普通发票？
3、这些专票在认证之后，在申报增值税时，怎样在主表以及附表中反映？是放在“待抵扣进项税额”中，还是做“进项税额转出”？
答：1、《财政部、国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）第二条规定，增值税退（免）税办法：
适用增值税退（免）税政策的出口货物劳务，按照下列规定实行增值税免抵退税或免退税办法。
（一）免抵退税办法。生产企业出口自产货物和视同自产货物（视同自产货物的具体范围见附件4）及对外提供加工修理修配劳务，以及列名生产企业（具体范围见附件5）出口非自产货物，免征增值税，相应的进项税额抵减应纳增值税额（不包括适用增值税即征即退、先征后退政策的应纳增值税额），未抵减完的部分予以退还。
（二）免退税办法。不具有生产能力的出口企业（以下称外贸企业）或其他单位出口货物劳务，免征增值税，相应的进项税额予以退还。
第六条规定，适用增值税免税政策的出口货物劳务
对符合下列条件的出口货物劳务，除适用本通知第七条规定外，按下列规定实行免征增值税（以下称增值税免税）政策：
（一）适用范围。
适用增值税免税政策的出口货物劳务，是指：
1.出口企业或其他单位出口规定的货物，具体是指：
（11）外贸企业取得普通发票、废旧物资收购凭证、农产品收购发票、政府非税收入票据的货物。
第七条规定，适用增值税征税政策的出口货物劳务
下列出口货物劳务，不适用增值税退（免）税和免税政策，按下列规定及视同内销货物征税的其他规定征收增值税（以下称增值税征税）：
（一）适用范围。
适用增值税征税政策的出口货物劳务，是指：
1.出口企业出口或视同出口财政部和国家税务总局根据国务院决定明确的取消出口退（免）税的货物〔不包括来料加工复出口货物、中标机电产品、列名原材料、输入特殊区域的水电气、海洋工程结构物〕。
根据上述规定，贵公司增值税退（免）税适用免退税办法。出口货物退税率为零的，贵公司应视同内销货物缴纳增值税。如果出口货物为免税货物，贵公司取得增值税普通发票的，适用免征增值税政策。
2、《国家税务总局关于启用货物运输业增值税专用发票的公告》（国家税务总局公告2011年第74号）*9条规定，货物运输业增值税专用发票，是增值税一般纳税人提供货物运输服务（暂不包括铁路运输服务）开具的专用发票，其法律效力、基本用途、基本使用规定及安全管理要求等与现有增值税专用发票一致。
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）*9条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
因此，贵公司取得运输增值税专用发票应在开具之日起180日内到税务机关办理认证。
《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第二条规定，原增值税纳税人〔指按照《中华人民共和国增值税暂行条例》（以下称《增值税暂行条例》）缴纳增值税的纳税人〕有关政策
5.原增值税一般纳税人接受试点纳税人提供的应税服务，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（1）用于简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费，其中涉及的专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁，仅指专用于上述项目的专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁。
（2）接受的旅客运输服务。
（3）与非正常损失的购进货物相关的交通运输业服务。
（4）与非正常损失的在产品、产成品所耗用购进货物相关的交通运输业服务。
上述非增值税应税项目，是指《增值税暂行条例》第十条所称的非增值税应税项目，但不包括《应税服务范围注释》所列项目。
《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）规定，一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
因此，贵公司取得的国内运输专用发票除用于不得抵扣范围外，其进项税额准予抵扣。国外运输专用发票不得用于抵扣。
3、贵公司的运费专用发票认证后，在认证通过的次月申报期内，将其进项税额反映在《增值税申报表》主表第12栏“进项税额”中。同时在第14栏“进项税额转出”中反映国外运输专用发票进项税额以及不得抵扣的国内运输进项税额。
（本期互动专家 邱老师）