软件企业所得税减免未备案是否需要补缴税款？

问：我公司是XX股份有限公司下属子公司—— XX有限公司，均位于河南省。公司成立于2006年6月22日，于2007年7月18日认定为软件企业。我公司于2009年6月17日获得《减、免税批准通知书》。具体内容为：XX有限公司，你公司报来的减免税申请及所附资料收悉。根据《财政部、国家税局总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税〔2008〕1号）的规定，经审核，你公司符合减免税条件，减免原因为：新办软件企业。同意你公司从获利年度起，第1年至第2年的经营所得免征所得税。第3年至第5年减半征收所得税。减免期间按税法规定，如期办理纳税申报。减免税期满应及时恢复缴纳税款。
我公司2008年度开始盈利，因此我公司2008年至2010年享受免税征收，2011年至2012年享受减半征收。我公司2012年度盈利，企业所得税已按减半征收缴纳税款12万元多。现在税局通知我公司，说我公司2012年度未进行企业所得税优惠政策备案，让我公司补缴税款。
请问我公司是否可以由获得的《减、免税批准通知书》文件而免于补缴税款的处罚？
答： 《河南省国家税务局关于印发〈企业所得税优惠政策备案管理暂行办法（试行）〉的通知》（豫国税发〔2009〕141号）附件1《企业所得税优惠政策备案时间及资料要求》第十六条规定，新办软件产业和集成电路企业减免企业所得税。
1、备案时间（1）资格备案：纳税人应自取得《软件企业（产品）证书》或《集成电路企业（产品）证书》后30个工作日内向主管税务机关递交备案申请；
（2）确认备案：纳税年度终了后至报送年度纳税申报表前向主管税务机关办理备案手续。
2、备案资料（1）《企业所得税优惠政策备案报告表》；内容包括：纳税人基本情况、被认定日期、认定部门、批准文号、软件（或集成电路）企业（或产品）证书编号、政策依据等；（2）软件（或集成电路）企业（或产品）证书复印件；（3）税务机关要求的其他资料。
根据所属地区河南省规定，新办软件产业减免所得税优惠政策的备案有两个阶段，一是资格备案，二是确认备案。确认备案应在每个享受优惠纳税年度终了后至报送年度纳税申报表前向主管税务机关办理。贵公司2012年度如果享受减半征收，应在纳税年度终了后至报送年度纳税申报表前按上述规定提交备案资料。