财政资金如何单独建账核算？

问：我公司“生活垃圾焚烧炉产业化项目”总投资约1.6亿元，该项目争取到了2000万元的财政性资金支持，其余为企业自筹。我们在收到财政资金时并入公司基本账户，支付时在公司账套在建工程科目下单独设置二、三级明细账核算此项目的各项支出，在无形资产下单独设置项目土地成本。
国家发改委检查组在对公司财政资金进行例行检查时提出，财政资金应该单独建账核算。（估计他们依据的是基本建设财务管理规定） 我公司援引《基本建设财务管理规定》（财建〔2002〕394号）第二条“实行基本建设和企业财务并轨的单位，不执行本规定。”
问题1、什么是基本建设和企业财务并轨？是否需要财政部门出文件认可？
2、我公司用独立的明细账来核算该项目的支出是否可行，算不算单独建账？或者给出我们对此事的正确财务处理办法？
答：1、基本建设财务和企业财务的核算方法不同及使用的会计科目不同，造成基本建设财务和企业财务的数据不具可比性。为让它们具有可比性，因此要并轨。
2、《财政部关于印发〈企业会计准则第1号—存货〉等38项具体准则的通知》（财会〔2006〕3号）规定，为规范企业会计确认、计量和报告行为，保证会计信息质量，根据《中华人民共和国会计法》、《企业会计准则——基本准则》等国家有关法律、行政法规，我部制定了《企业会计准则第1号—存货》等38项具体准则，现予印发，自2007年1月1日起在上市公司范围内施行，鼓励其他企业执行。执行该38项具体准则的企业不再执行现行准则、《企业会计制度》和《金融企业会计制度》。
会计准则对企业在建工程，政府补助的核算已作规定。因此，对于执行企业会计准则的企业，应按企业会计准则的规定进行账务处理，不需对在建工程单独予以建账，可通过设立明细账对其进行核算。