政策性搬迁新旧政策衔接适用条款如何确定？

提问人QYHY******
提问及回复时间：2012年8月21日
问：我公司为配合当地市政规划需要，2008年已经签订搬迁协议并开始着手办理搬迁事宜，属于《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函〔2009〕118号）规定的政策性搬迁。但近日国税总局发布《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）规定，且明确自2012年10月1日起施行，同时国税函〔2009〕118号废止。
请问：我公司在新文件生效之前尚未完全搬迁清算，那该项政策性搬迁事项如何申报，资产能否继续适用国税函〔2009〕118号文件规定的企业所得税处理？
〔原回复意见〕
《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）第二十六条规定，企业在本办法生效前尚未完成搬迁的，符合本办法规定的搬迁事项，一律按本办法执行。本办法生效年度以前已经完成搬迁且已按原规定进行税务处理的，不再调整。
根据上述规定，公告生效前（2012年10月1日前）完成搬迁的，如果企业在2011年度以前已经完成搬迁且已按原规定进行税务处理的，继续按原规定执行；如果企业在2011年度以前已经完成搬迁但未按原规定进行税务处理的，应按新规定执行。即适用政策规定的只有“本办法生效年度以前已经完成搬迁且已按原规定进行税务处理的”情形。在税务总局没有明确规定之前，贵公司2012年10月1日前未完成搬迁，不再适用国税函〔2009〕118号文件规定，应适用新规定。
「新出台政策及二次回复意见」再次回复时间：2013年3月25日
《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第11号）*9条规定，凡在国家税务总局2012年第40号公告生效前已经签订搬迁协议且尚未完成搬迁清算的企业政策性搬迁项目，企业在重建或恢复生产过程中购置的各类资产，可以作为搬迁支出，从搬迁收入中扣除。但购置的各类资产，应剔除该搬迁补偿收入后，作为该资产的计税基础，并按规定计算折旧或费用摊销。凡在国家税务总局2012年第40号公告生效后签订搬迁协议的政策性搬迁项目，应按国家税务总局2012年第40号公告有关规定执行。
第三条规定，本公告自2012年10月1日起执行。国家税务总局2012年第40号公告第二十六条同时废止。
根据上述规定，贵公司属于“在国家税务总局2012年第40号公告生效前已经签订搬迁协议且尚未完成搬迁清算的企业政策性搬迁项目”，在重建或恢复生产过程中购置的各类资产，可以作为搬迁支出，从搬迁收入中扣除。但购置的各类资产，应剔除该搬迁补偿收入后，作为该资产的计税基础，并按规定计算折旧或费用摊销。