土地增值税清算时应退税款能否直接抵减预缴税款？

问：房地产开发公司某项目已达土地增值税清算条件，由于当地税务局当年税收任务已完成，不让房地产企业缴纳营业税及附加和土地增值税预缴。
在土地增值税清算过程中，税务局同意税金按计算数扣除（营业税及附加）。土地增值税清算结果是：应缴土地增值税小于已预缴数。但是缴纳营业税时，税务局又要求房地产开发企业预缴与营业税同步的土地增值税，税务局的要求是否正确？
答：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）*9条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
第二条第（一）款规定，符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；3.直接转让土地使用权的。
第（二）款规定，符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。
根据上述规定，该房地产开发企业开发项目达到清算条件的，需进行土地增值税清算。
《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。
根据上述规定，该开发项目进行土地增值税清算后，对企业多预缴的土地增值税予以退还，不足的予以补缴。由于土地增值税是以项目进行清算，不同项目间的土地增值税企业不能进行相互抵缴。