将作价入股在建工程进行开发如何确定扣除成本？

问：某房地产开发公司是由一家广告公司投资成立，该广告公司以其正在建设的一栋在建工程作为一部分投资。该工程在广告公司账面列支实际发生40多万元，经评估机构出具的报告评估确认出资额为320万元。
房地产开发公司接受该投资的账务处理为：借记“在建工程”科目320万元，贷记“实收资本”科目320万。
而后，房地产开发公司将在建工程转为开发成本，账务处理为：借记“开发成本”科目320万元，贷记“在建工程”科目320万元。
现在，此项目已完工，并出售。转为开发成本的费用是否可以作为房地产公司成本在税前扣除？该项目土地增值税清算时，是否可以作为开发成本扣除？
答：1、《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税〔2003〕16号）第二条（七）规定，单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：1.转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。
2.转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。
在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其他建设项目。
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税〔2002〕191号）*9条规定，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。
根据上述规定，广告公司以在建项目投资入股房地产开发公司，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的，不论在建项目是否进入建筑物施工阶段，广告公司不缴纳营业税。投资入股时，广告公司不需向房地产开发公司开具发票，以具备财务票据基本要素的收款收据，并投资协议、股东会决议、验资报告等资料作为附属资料。
《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发〔2009〕31号）第二十五条规定，计税成本是指企业在开发、建造开发产品（包括固定资产）过程中所发生的按照税收规定进行核算与计量的应归入某项成本对象的各项费用。
第二十七条规定，开发产品计税成本支出的内容如下：（一）土地征用费及拆迁补偿费……
（二）前期工程费……
（三）建筑安装工程费……
（四）基础设施建设费……
（五）公共配套设施费……
（六）开发间接费……
根据上述规定，房地产开发公司取得该在建项目，应按协议价确定该在建项目成本，进而确定开发产品的成本。开发产品出售后，对应开发产品的成本准予税前扣除。
2、《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第五条规定，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）*9条暂免征收土地增值税的规定。
根据上述规定，广告公司以在建项目投资入股，该房地产公司从事房地产开发，广告公司应缴纳土地增值税。从原理上分析，该项目进行土地增值税清算时，可以按协议价作为开发成本，进而确定扣除项目。但是，地方上有不同规定。以下地方文件供参考：《山东省地方税务局关于明确投资人股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知》（鲁地税函〔2004〕30号）规定，纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。
《重庆市地方税务局转发国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知的通知》（渝地税发〔2010〕167号）第六条关于以房地产进行投资、联营的征免税问题规定，财税字〔1995〕48号文件规定，以房地产进行投资、联营，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。
对上述投资方以股权交易、投资、联营等方式作价进行投资，投资方没有缴纳土地增值税的，被投资企业接受股权交易、投资、联营的土地（房地产）价值，不准予以扣除。