同一控制下的企业合并如何确定初始投资成本的计税基础？

问：甲、乙公司属同一控制下的关联企业。2011年3月甲公司收购乙公司100%股权，并于当月对乙公司实施控制。合并日，乙公司所有者权益账面价值600万元，其中实收资本50万元。甲公司向乙公司的股东支付现金50万元作为对价，当月甲公司账务处理如下：
借：长期股权投资——乙公司 600万元
贷：现金
50万元
资本公积——资本溢价
550万元
合并后，乙公司维持其法人资格，2011年9月乙公司注销，账面所有者权益价值650万元，以银行存款汇入甲公司账户，甲公司账务处理如下：
借：银行存款
650万元
贷：长期股权投资——乙公司
600万元
投资收益
50万元
同时：
借：资本公积——资本溢价 550万元
贷：投资收益
550万元
请问该笔业务甲公司初始投资成本的计税基础是50万元，还是600万元？若是50万元，如何税收筹划可以少缴企业所得税？
答：《企业所得税法实施条例》第五十六条规定，企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。
前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。
企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。
第七十一条规定，企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。
企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。
投资资产按照以下方法确定成本：
（一）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；……
根据上述规定，甲公司取得乙公司股权支付的对价为50万元。甲公司取得该股权的计税基础为50万元。
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第五条规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。
因此，乙公司注销清算，甲公司取得的剩余资产应按上述规定确定为股息所得、投资转让所得或损失。