如何确定股权收购的初始投资成本？

问：中国企业甲公司，注册资本1000万美元，有两个境外股东A和B，A占70%股份，B占30%股份。甲公司的评估价格为5000万美元，目前，A公司准备以1500万美元现金收购B公司股权。根据相关文件规定，该收购属于一般重组，B公司应以其增值额1200万美元的10%（即120万美元），在甲公司所在地税务机关缴纳预提所得税。请问：
1、收购完成后，A公司的初始投资成本是否已经变为2200万美元（700＋1500）？如果是，如何向税务机关证明A公司的初始投资成本增加？是否需要税务机关出具的初始投资成本证明文件，还是以后凭借纳税申报表和税单就可以证明？
2、税务局个别人士认为，应该增加甲公司的实收资本和资产计税基础至2200万美元。甲公司认为，该收购是股东之间的行为，被收购企业除股东变更外没有变化，故不应做相应调整。哪种理解正确？
3、在代境外B公司申报预提所得税的时候，应该履行哪些程序？报送哪些资料和申报表？
答：1、《企业所得税法实施条例》第七十一条规定，企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。
企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。
投资资产按照以下方法确定成本：
（一）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；
（二）通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）第四条规定，在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
根据上述规定，境外股东A对甲公司初始投资700万美元，后来花费1500万美元从B处购入甲公司股权。境外股东A持有甲公司股权的投资成本为2200（700＋1500万）美元。
贵公司的理解正确。
对于境外股东A的初始投资700万美万，A公司及甲公司应提供付款凭证、股东会决议、章程，验资报告、工商登记等资料，以备税务机关检查。
对于境外股东A从境外股东B购入的股权成本1500万美元，境外A公司应提供股权转让协议、工商变更登记、向B公司的付款凭证等资料，以备税务机关检查。
2、境外A公司从境外B公司处购入甲公司股权，对于甲公司而言，只是股东变更。甲公司的注册资本不发生变化。贵公司的理解正确。
3、贵公司不属于境外B公司的扣缴义务人。贵公司可作为境外B公司的代理人，代理境外B公司申报缴纳企业所得税。
贵公司应填写《中华人民共和国扣缴企业所得税报告表》申报B公司企业所得税。通常需报送股权转让协议、贵公司评估报告等资料，具体资料与主管税务机关确认。