专有技术投资如何税务处理？

问：某自然人将其拥有的非专利技术，经资产评估事务所评估和会计师事务所验资，作价4000万元作为投资投入到A公司。A公司根据评估事务所和会计师事务所的报告，将该专有技术作为无形资产入账，并同时增加实收资本。每年A公司按10年期对上述专有技术进行摊销。现在税务机关认为，该项专有技术的摊销不能税前扣除。理由：
1、专有技术投入未取得发票；
2、4000万元专有技术价值太高。
请问税务机关的意见正确否？另外专有技术投资入股是否需缴纳营业税和个人所得税？是否需开具发票？
答：1、营业税问题
《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，转让非专利技术，是指转让非专利技术的所有权或使用权的行为。
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）*9条规定，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。
《广东省地方税务局关于以不动产、无形资产投资入股是否开具发票问题的批复》（粤地税函[2007]703号）规定，纳税人以不动产、无形资产投资入股不是经营活动，没有发生经营业务收付款行为，根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条规定，不开具发票。
根据上述规定，问题所述非专利技术，属于无形资产。该自然人将拥有的专有技术投资入股，参与A公司利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。此时，自然人为提供非经营业务，不需向A公司开具发票。
按照《国家税务总局关于以不动产或无形资产投资入股收取固定利润征收营业税问题的批复》（国税函[1997]490号）规定：“以商标权、专利权、非专利技术、著作权、商誉等投资入股，收取固定利润的，属于转让无形资产使用权的行为，应按‘转让无形资产’税目征收营业税。”若自然人投资入股收取固定利润的，其应按“转让无形资产”缴纳营业税。该自然人属于提供经营业务，应向A公司开具发票。
2、个人所得税问题
《个人所得税法实施条例》规定，特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得。
《个人所得税法实施条例》第十条规定，个人所得的形式，包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。所得为实物的，应当按照取得的凭证上所注明的价格计算应纳税所得额；无凭证的实物或者凭证上所注明的价格明显偏低的，参照市场价格核定应纳税所得额。所得为有价证券的，根据票面价格和市场价格核定应纳税所得额。所得为其他形式的经济利益的，参照市场价格核定应纳税所得额。
因此，该自然人以非专利技术使用权投资入股，向A公司提供专有技术并取得A公司股权，属于提供非专利技术使用权取得其他形式的经济利益（A公司股权），自然人应按“特许权使用费所得”缴纳个人所得税。
3、定价问题
《财政部、工商总局关于加强以非货币财产出资的评估管理若干问题的通知》（财企[2009]46号）*9条规定，有下列情形之一的，应当进行资产评估：
（一）投资人以非货币财产出资的；
（二）在验资或申请工商登记时，验资机构或投资人发现用作出资的非货币财产与评估基准日时的资产状态、使用方式、市场环境等方面发生显著变化，或者由于评估假设已发生重大变化，可能导致资产价值发生重大变化的；
（三）法律、行政法规规定的其他需要进行资产评估的事项。
第二条规定，以非货币财产出资评估，投资人应当委托依法设立的资产评估机构进行。
第三条规定，以非货币财产出资的投资人，应当对所提供的非货币财产的真实性、合法性承担责任。
第四条规定，资产评估机构从事以非货币财产出资评估业务时，应当严格遵循有关的资产评估准则和规范，并对评估结论的合理性承担法律责任。
根据上述规定，投资人以非货币财产出资的，应当对所提供的非货币财产的真实性、合法性承担责任，资产评估机构对评估结论的合理性承担法律责任。
该专有技术评估价为4000万元，该自然人与A公司及其原股东不存在关联关系，且股东认可，则其定价是合理的。
如果该专有技术投资属于不需开具发票情形，同时按独立交易原则定价，并且该专有技术与该公司的生产经营有关，其摊销准予税前扣除。