股权转让后的计税基础如何确定？

问：如果M企业（中国大陆的独立法人）的母公司A（非居民企业），将其100%股权转让给了B公司（与A是同地区的非居民企业）。股权投资成本为80万元，评估价格为50万元，而公司净资产为100万元，请问：
1.A公司是按照50－80＝－30万元确认股权转让损失，还是需要按照100－80＝20万元确认股权转让所得？
2.两种情况下，股权转让后的计税基础分别是什么？
3.如果A公司按照评估价格，没有确认股权转让所得，但是税务机关后来要求其按照M企业的净资产确认股权转让所得，并需M企业代扣代缴预提所得税。这种情况下，A公司股权转让后的计税基础是多少？是仍旧按照评估价格50万元，还是可以按照100万元确认？
答：1、M企业净资产为100万元，但是评估价为50万元。如果M企业的评估值公允，则M公司（即M公司100%股权）的市价为50万元。
在M公司市价为50万元的前提下，A公司与B公司签订股权转让合同且在合同中约定按公允价转让时，A公司应确认股权转让收入50.A公司转让该股权将发生损失30万元。《企业所得税法实施条例》规定：“投资资产按照以下方法确定成本：（一）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本。”B公司取得该股权的历史成本为50万元。
2、如果M公司评估价不公允，A公司按评估价转让股权属于低价转让，并不能提供正当理由的。根据《税收征收管理法》第三十五条规定：“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”税务机关有权核定A公司的股权转让的应纳税额。
如果A公司被税务机关核定应纳税额，由于B公司支付的股权转让款为50万元，B公司取得M公司股权的历史成本仍为50万元。
再问：如果税务机关认为评估价不公允，如何核定其应纳税额？
再答：税务机关有可能按照净资产进行核定。企业所得税法中对问题所述的股权转让收入确定事项没有明确规定。以下个人所得税文件供参考：
《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号）第三条规定，对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
（一）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
（二）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
（三）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
（四）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。