总分机构如何进行预缴企业所得税？

问：A公司在全国一线城市都设有分公司。外地分公司反映，当地税务局不允许企业选择所得税季度预缴方式，必须按当季度的实际利润预缴，请问是否有这种规定？
答：《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第九条规定，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。
二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
第十二条规定，上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
第十三条规定，新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
第十八条规定，企业应根据当期实际利润额，按照本办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。
在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。
预缴方式一经确定，当年度不得变更。
第十九条规定，总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。
第二十三条规定，总机构应按照以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30.计算公式如下：
某分支机构分摊比例＝0.35×（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）＋0.35×（该分支机构工资总额/各分支机构工资总额之和）＋0.30×（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）
以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按上述方法一经确定后，当年不作调整。
根据上述规定，A公司在全国一线城市设立分公司，属于跨省、自治区、直辖市设立分公司。该分公司为三级以下分支机构的，不就地预缴企业所得税。该分公司为A公司的二级分支机构，该分公司在设立当年不在当地预缴税款，否则，应就地预缴企业所得税。预缴所得税的方法应由A公司统一计算当期实际利润额（在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可按上一年度应纳税所得额），按国税发[2008]28号文件第十九条和第二十三条规定的分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，而不是按照该分公司的实际季度利润额进行所得税预缴。
但若该公司属于A公司在全国一线城市设立的分公司，以A公司名义进行生产经营，无法提供有效证据证明其属于A公司的二级及二级以下分支机构身份的，根据《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）*9条第三款规定：“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）的相关规定。”应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。此时，分公司是一个独立的企业所得税纳税人，应就地预缴税款，并汇算清缴。