涉外逾期增值税扣税凭证相关文件有何异同？

问：《国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）规定，《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》（国办发[2000]12号）第三条中“凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚”规定废止。
国办发[2000]12号文件第三条规定，有关企业取得税控系统开具的增值税专用发票，属于扣税范围的，应按税务机关规定的时限申报认证；凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚；凡认证不符的，不得作为扣税凭证，税务机关要查明原因，依法处理。
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）*9条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
我认为，根据国家税务总局公告2011年第49号文件规定，企业取得税控系统开具的增值税专用发票，不受申报认证时限的限制。但是国税函[2009]617号文件仍然全文有效，使我产生疑惑，不知上述三个文件的关系，以及在实务上如何操作？
答：《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）*9条规定，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。
综上文件所述，国家税总局公告2011年第49号文件废止了，凡逾期未申报认证的，“一律”不得作为扣税凭证的规定；而国家税务总局公告2011年第50号文件明确了客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经国家税务总局认证后，允许纳税人继续抵扣其进项税额。但其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍按照国税函[2009]617号文件规定的增值税扣税凭证抵扣期限执行。也就是逾期过去是绝对不得抵扣，而现在逾期相对不得抵扣。