土地使用权部分返还款应如何处理？

问：我公司与政府下属的某公司A签订协议，从A公司以每平方米400元价格受让土地，A公司以每平方米400元向我公司开具发票，我公司向其支付价款。支付上述款项后，A公司再以每平方米20元返还我公司。请问：
1.土地使用权在作为无形资产入账是每平方米400元还是每平方米380元？契税、印花税和土地使用权税是否依据土地使用权的无形资产入账价值缴纳？
2.如为每平方米400元入账，返还的每平方米20元如何入账？
3.是否有其他涉税问题？
答：你公司从A公司以每平方米400元价格受让土地，A公司以每平方米400元向你公司开发票，你公司向其支付价款。因A公司转让土地涉及招、拍、挂程序，转让价格是公开的，A公司另外按每平方米20元向你公司返还资金，该资金为A公司对你公司的捐赠。
1、关于缴纳各项税费：
（1）企业所得税。《企业所得税法实施条例》第六十六条规定，无形资产按照以下方法确定计税基础：
（一）外购的无形资产，以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础；
《青岛市地方税务局关于印发的通知》（青地税函[2011]4号）规定，企业招拍土地后，政府给予的土地返还款不得冲减土地成本，而应当并入收入总额缴纳企业所得税。
根据上述规定，你公司应以购入价每平方米400元以及缴纳的相关税费作为土地使用权的成本。
（2）契税。《财政部、国家税务总局关于契税征收中几个问题的批复》（财税字[1998]96号）*9条规定，根据《中华人民共和国契税暂行条例》（以下简称条例）第四条第（一）款及《中华人民共和国契税暂行条例细则》（以下简称细则）第九条的规定，土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖的计税依据是成交价格，即土地、房屋权属转移合同确定的价格，包括承受者应交付的货币、实物、无形资产或者其他经济利益。因此，合同确定的成交价格中包含的所有价款都属于计税依据范围。土地使用权出让、土地使用权转让、房屋买卖的成交价格中所包含的行政事业性收费，属于成交价格的组成部分，不应从中剔除，纳税人应按合同确定的成交价格全额计算缴纳契税。
因此，你公司应按合同确定的成交价格，每平方米400元为依据计缴契税。
（3）印花税。《财政部、国家税务总局关于印花税若干政策的通知》（财税[2006]162号）第三条规定，对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。
《印花税税目税率表》第11项规定，产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用权、专利权、专有技术使用权等转移书据按所载金额万分之五贴花
因此，你公司与A公司签订的土地转让合同应以每平方米400元为基础，按万分之五贴花。
（四）土地使用税。《土地使用税暂行条例》第二条规定，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（以下简称土地使用税）的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。
前款所称单位，包括国有企业、集体企业、私营企业、股份制企业、外商投资企业、外国企业以及其他企业和事业单位、社会团体、国家机关、军队以及其他单位；所称个人，包括个体工商户以及其他个人。
第三条规定，土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照规定税额计算征收。
前款土地占用面积的组织测量工作，由省、自治区、直辖市人民政府根据实际情况确定。
因此，你公司购入的土地处于城市、县城、建制镇、工矿区范围内，应按规定缴纳土地使用税。土地使用税的计税依据为占用的土地面积，以土地购入价无关。
2、《企业所得税法实施条例》第二十一条规定，企业所得税法第六条第（八）项所称接受捐赠收入，是指企业接受的来自其他企业、组织或者个人无偿给予的货币性资产、非货币性资产。
《宁波市地方税务局关于明确所得税有关问题解答口径的函》（甬地税一函[2010]20号）规定，在土地受让、改变用途过程中，如果政府约定了返还金额，返还金额应冲减对应的计税基础；如果事后取得了政府的补助或奖励，应作为补贴收入处理。
依据上述规定，贵公司收A公司返还的每平方米20元，属于接受捐赠收入，计入营业外收入；若收到政府返还，应作为补贴收入处理。