不同类型项目土地增值税清算如何扣除开发成本？

问：我公司是房地产开发企业，某开发项目由于仍有大量的车库没有出售（项目销售率90%），在进行土地增值税清算时，我公司认为根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第三条第三款“收入与扣除项目金额配比的原则”以及《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）第二十六条计税成本对象确定原则“定价差异原则”，按不同类型的物业确定成本核算对象（即对总开发成本分配到不同的成本对象），再按已售与未售建筑面积在各成本对象分摊可扣除的总开发成本项目（即售价高，扣除的总开发成本就高）。但是主管税务局认为，只能将总开发成本按建筑面积在各类物业间分摊。请问税务局的处理是否符合规定？
答：《土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定，纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定。可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。
土地增值税的扣除项目。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。
清算后再转让房地产的处理。在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
依据上述规定，纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目、同一项目中建造不同类型房地产的，其扣除项目金额的确定，按转让房地产的建筑面积占总建筑面积的比例计算分摊。