土地增值税清算后如何退还企业所得税？

「原问题及回复」提问人QYHY******
提问及回复时间：2010年6月12日
房地产项目公司为开发某一项目而单独成立，其经营不具持续性。当项目开发完毕后，项目公司即清算注销。由于企业所得税与土地增值税征收时间不一致，项目基本销售完毕后才进行土地增值税清算，但此时项目公司已经没有或者很少有销售收入，导致土地增值税清算后缴纳的巨额土地增值税款无法在企业所得税税前扣除。这即涉及土地增值税清算缴纳税款后调整以前年度利润，需退还以前年度多缴的企业所得税。但在实际操作中，此类退税存在诸多政策困境。请问目前各地有无出台相应的退税政策？
原回复意见：《税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的法规退还。
关于房地产开发项目完工清算问题。《河北省地方税务局关于进一步贯彻落实国税发[2006]31号文件的通知》（冀地税函[2006]174号）规定，按现行税收政策规定，房地产开发企业在开发项目跨年度时，每年必须进行企业所得税汇算清缴。对跨年度的开发项目，待开发项目整体完工时，应对整个开发项目查账征收年度预售收入确认的实际毛利与按税法确认的预计毛利对比，进行统一清算。多缴所得税款的，如企业连续经营，则抵顶后期应纳所得税款；如经营终止时，仍未抵顶完毕的，予以退税。少缴所得税款的，按规定予以补缴。
参照上述规定，房地产开发企业经营终止时，对超缴企业所得税可以按规定申请办理正常超缴退库。
「新出台政策及二次回复意见」再次回复时间：2011年4月12日
对房地产开发企业经营终止时，根据《国家税务总局关于房地产开发企业注销前有关企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第29号）规定进行如下处理：
一、房地产开发企业（以下简称企业）按规定对开发项目进行土地增值税清算后，在向税务机关申请办理注销税务登记时，如注销当年汇算清缴出现亏损，应按照以下方法计算出其在注销前项目开发各年度多缴的企业所得税税款，并申请退税：
（一）企业整个项目缴纳的土地增值税总额，应按照项目开发各年度实现的项目销售收入占整个项目销售收入总额的比例，在项目开发各年度进行分摊，具体按以下公式计算：
各年度应分摊的土地增值税=土地增值税总额×（项目年度销售收入÷整个项目销售收入总额）
本公告所称销售收入包括视同销售房地产的收入，但不包括企业销售的增值额未超过扣除项目金额20%的普通标准住宅的销售收入。
（二）项目开发各年度应分摊的土地增值税减去该年度已经税前扣除的土地增值税后，余额属于当年应补充扣除的土地增值税；企业应调整当年度的应纳税所得额，并按规定计算当年度应退的企业所得税税款；当年度已缴纳的企业所得税税款不足退税的，应作为亏损向以后年度结转，并调整以后年度的应纳税所得额。
（三）企业对项目进行土地增值税清算的当年，由于按照上述方法进行土地增值税分摊调整后，导致当年度应纳税所得额出现正数的，应按规定计算缴纳企业所得税。
（四）企业按上述方法计算的累计退税额，不得超过其在项目开发各年度累计实际缴纳的企业所得税。
二、企业在申请退税时，应向主管税务机关提供书面材料证明应退企业所得税款的计算过程，包括企业整个项目缴纳的土地增值税总额、整个项目销售收入总额、项目年度销售收入、各年度应分摊的土地增值税和已经税前扣除的土地增值税、各年度的适用税率等。
三、企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，在向税务机关申请办理注销税务登记时，如注销当年汇算清缴出现亏损，但土地增值税清算当年未出现亏损，或尽管土地增值税清算当年出现亏损，但在注销之前年度已按税法规定弥补完毕的，不执行本公告。
主管税务机关应结合企业土地增值税清算年度至注销年度之间的汇算清缴情况，判断其是否应该执行本公告，并对应退企业所得税款进行核实。
四、本公告自2010年1月1日起施行。