房地产项目合同与结算收入不一致如何确定税基？

问：我公司是一家房地产开发企业，2009年3月将开发的2000平方米商业用房（精装修）预售给A公司。预售合同约定，预售总价款3000万元，在签订合同后已向房地产管理局办理了预售备案登记，要求2010年3月以前A公司付清全部价款。另外，在预售合同中约定，经A公司与我公司协商，该商业用房在建造中可降低装修标准，降低装修标准节省的工程造价金额经审计单位审计后冲减该商业用房销售价款。
该商业用房在实际建造过程中，我公司应A公司的要求降低了部分装修标准，同时我公司在2010年3月底累计收到A公司预付的全部价款3000万元。2010年6月，该商业用房通过竣工验收并交付A公司。因A公司急于办理产权（办理产权需要不动产发票办证联，办理产权部门要求不能变更原备案合同价款3000万元）的需要，我公司向A公司按原备案预售合同的金额3000万元全额开具了不动产发票。同时A公司按3000万元的购买价款向税务机关申报缴纳了购房契税90（3000×3%）万元。
2010年9月，我公司委托的工程造价中介审核机构对该商业用房的造价进行审核，经审核确认该商业用房降低了部分装修标准而减少的工程造价为150万元。我公司与A公司签订书面补充合同，对减少的工程造价冲减原预售合同总价款予以了确认。经确认后，我公司的2000平方米商业用房实际销售总价款为2850（3000-150）万元。根据补充合同，我公司另开具了一份150万元的红字不动产销售发票，退付了A公司150万元的购房款。请问：
1、我公司在缴纳销售该商业用房的不动产营业税的计税基数是3000万元，还是2850万元？
2、我公司在计算销售该商业用房的土地增值税时，其收入额是3000万元，还是2850万元？
3、我公司在计算2010年企业所得税时，该商业用房的收入额是3000万元，还是2850万元？
答：《营业税暂行条例实施细则》第十四条规定，纳税人的营业额计算缴纳营业税后因发生退款减除营业额的，应当退还已缴纳营业税税款或者从纳税人以后的应缴纳营业税税额中减除。
《国家税务总局关于使用新版不动产销售统一发票和新版建筑业统一发票有关问题的通知》（国税发[2006]173号）第六条规定，需要开“红字”发票的，应在销售金额合计的大写金额*9字前加“负数”字，在小写金额前加“－”号。在开具红字发票前，收回已开出《不动产发票》、《建筑业发票》的发票联，全部联次监制章部位做剪口处理。
依据上述规定，房地产开发公司销售不动产发生退款，应收回已开出《不动产发票》的发票联，再开具“红字”发票。计税营业额应按依法减除退款后的营业额2850万元，作为缴纳营业税、土地增值税、企业所得税的计税依据。若未收回已开出《不动产发票》的发票联，应按照3000万元收入计缴各税。
房地产开发公司的问题存在一定的特殊性，从提供的资料情况来看，双方约定销售的是精装修房，因此房屋价款和装修价款应作为售房收入的整体，申报缴纳各项税收。
这就意味着双方约定对于装修标准的变更合同应作为售房合同的补充条款，最终售房价款应按降低后的装修标准结算。由于买方需要提前办理产权证，当时房地产开发公司只是按预售收入开具发票给买方了，当时房屋尚未办理最终竣工验收手续，收取的应是预售款。后续根据实际装修标准，实际房价应为2850万，但退给买方150万时在操作上应该是收回原先的预收款发票，最终按2850万开票，而房地产开发公司开具了150万的负数发票处理。这种处理是否会影响整体行为的性质，需要房地产开发公司与当地主管税务机关协商确认，否则会有上述因未按规定开具红字发票而按3000万元计收入，有一定的纳税风险。