挂靠方式从事货运营业纳税义务人如何界定？

问：我单位是一个从事单一货物运输的企业，专门从事某国有煤矿的煤炭承运业务，每年与该国有煤矿签订货运合同，我公司年营业额*65600万元。由于我单位自有车辆运力不足，以挂靠方式部分使用不属于我单位的个人所有权的车辆进行煤炭运输，运输业务以我公司名义承运，由我公司承担法律责任。运输过程中的费用由我公司承担，并将该车辆所涉及人员作为我公司员工，承担工资；由于煤炭运输的季节性，故我单位约定在无业务的情况下，挂靠车辆可以在外部从事其他业务，我公司不干涉挂靠车辆从事的其他业务且其他业务与我公司无任何关系。
《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）附件三《货物运输业营业税征收管理试行办法》第三条规定，实行承包、承租、挂靠方式提供货物运输劳务凡同时具备以下条件的，以出包方、出租方、被挂靠方为营业税纳税义务人；不同时具备以下条件的，以承包人、承租人、挂靠人为营业税纳税义务人（以下简称“承包人”、“承租人”、“挂靠人”）：（一）以出包方、出租方、被挂靠方的名义对外经营，由出包方、出租方、被挂靠方承担相关的法律责任；（二）经营收支全部纳入出包方、出租方、被挂靠方的财务会计核算；（三）利益分配以出包方、出租方、被挂靠方的利润为基础。
对上述文件规定，我单位认为我单位对挂靠车辆承运我单位的运输业务有自开票资格。
但是税务机关认为，根据国税发[2003]121号附件三《货物运输业营业税征收管理试行办法》第六条的规定：自开票纳税人应按照发票管理办法及相关的法律、法规的规定，如实填开货物运输业发票，加盖财务印章和开票人专章。自开票纳税人对下列情况不得开具货物运输业发票：（一）未提供货物运输劳务；（二）非货物运输劳务；（三）由其他纳税人（包括承包人、承租人及挂靠人）提供的货物运输劳务。因此，我单位所有挂靠车均不能自开货运票据，均要代开票据。
请问自开票纳税人对挂靠纳税人提供的货物运输劳务，如何开具发票？
答：根据《国家税务总局关于公布废止的营业税规范性文件目录的通知》（国税发[2009]29号）规定，《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）附件1第三条、第七条、第十四条已被废止。
《营业税暂行条例》*9条规定，在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应当依照本条例缴纳营业税。
《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）第六条规定，自开票纳税人对下列情况不得开具货物运输业发票：（三）由其他纳税人（包括承包人、承租人及挂靠人）提供的货物运输劳务。
根据上述规定，国税发[2003]121号第三条“实行承包、承租、挂靠方式提供货物运输劳务凡同时具备以下条件的，以出包方、出租方、被挂靠方为营业税纳税义务人” 已被国税发[2009]29号废止。由此可见，对既自有车辆又有挂靠车辆的运输企业，对挂靠人提供的货物运输劳务，也为营业税的纳税人。因此，自开票纳税人对挂靠纳税人提供的货物运输劳务，不得开具货物运输业发票。