房企以自有房产投资如何缴纳土地增值税？

问：某房地产企业以其自有房产（非商品房），作价入股投资一个工业企业，并获得该工业企业的部分股权。该工业企业拟使用此房产做办公楼。以上业务是否符合《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）文件*9条暂免征收土地增值税，还是按照《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）文件第五条的内容缴纳土地增值税？如果缴纳土地增值税，如何确定收入额和扣除额？
答：关于以房地产进行投资或联营的征免税问题。《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）文件第五条规定，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）*9条暂免征收土地增值税的规定。
根据上述规定，房地产开发企业以其建造的商品房进行投资，应缴纳土地增值税；若以其建造非商品房进行投资，暂免缴纳土地增值税。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条规定，非直接销售和自用房地产的收入确定
（一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；
2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
（二）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
《北京市地方税务局关于印发的通知》（京地税地[2008]92号）第七条规定，房地产开发企业建造的商品房，已自用或出租使用年限在一年以上再出售的，应按照转让旧房及建筑物的政策规定缴纳土地增值税，不再列入土地增值税清算的范围。
《土地增值税暂行条例实施细则》规定：
（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产缴纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
根据上述规定，房地产开发企业建造的商品房，已自用使用年限在一年以上对外投资，应视同销售房地产，按照转让旧房缴纳土地增值税。应参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定收入，扣除经当地税务机关确认房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的评估价格和转让房地产有关的税金。