脱硫总承包工程中的设计费如何缴纳流转税？

问：我公司是从事环保脱硫总承包工程作业，拥有建筑业总承包一级资质证书及甲级设计资质证书。签订的总包合同中包含了设计费、设备费、建筑安装、调试四大内容，合同中分别注明了以上四项的价格。我公司在收入成本核算中也分别核算收入、成本，对应的设计费开具服务业发票按5%缴纳营业税，设备缴纳增值税，建筑安装及调试到劳务发生地缴纳营业税。现在我公司与当地税务局的争议是：总包合同中的设计与技术服务，是根据电厂提供的设计参数和技术要求对整个总承包工程项目整个系统的设计与技术服务，包含初步设计、施工图设计、竣工图设计，而不是针对某个设备的设计与服务，因此设计费应缴纳增值税还是营业税？。
答：《营业税暂行条例实施细则》第十六条规定，除本细则第七条规定外，纳税人提供建筑业劳务（不含装饰劳务）的，其营业额应当包括工程所用原材料、设备及其他物资和动力价款在内，但不包括建设方提供的设备的价款。
第七条规定，纳税人的下列混合销售行为，应当分别核算应税劳务的营业额和货物的销售额，其应税劳务的营业额缴纳营业税，货物销售额不缴纳营业税；未分别核算的，由主管税务机关核定其应税劳务的营业额：（一）提供建筑业劳务的同时销售自产货物的行为；（二）财政部、国家税务总局规定的其他情形。
《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）规定，其他建筑安装工程的计税营业额也不应包括设备价值，具体设备名单可由省级地方税务机关根据各自实际情况列举。
《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，安装，是指生产设备、动力设备、起重设备、运输设备、传动设备、医疗实验设备及其他各种设备的装配、安置工程作业，包括与设备相连的工作台、梯子、栏杆的装设工程作业和被安装设备的绝缘、防腐、保温、油漆等工程作业在内。
《营业税暂行条例》第三条规定，纳税人兼有不同税目的应当缴纳营业税的劳务（以下简称应税劳务）、转让无形资产或者销售不动产，应当分别核算不同税目的营业额、转让额、销售额（以下统称营业额）；未分别核算营业额的，从高适用税率。
根据上述规定，企业签订的环保脱硫工程总包合同，合同中单独注明设计费、设备费、建筑安装、调试金额。此行为涉及了提供建筑、安装设备劳务和设计、调试技术服务劳务，属于营业税征税范围，应缴纳营业税。建筑安装应按“建筑业”3%税率；设计、调试技术服务应按“服务业”5%税率分别计算缴纳营业税并分别开具“建筑业”和“服务业”发票。
公司提供的安装设备若不属于自产的设备，不适用《营业税暂行条例实施细则》第七条规定，提供建筑业劳务的同时销售自产货物的混合销售行为，对销售自产货物缴纳增值税，提供建筑业劳务缴纳营业税。