以土地投资入股如何缴纳土地增值税？

问：A公司于2007年6月1日与B学校签订协议，B学校以土地350亩作价8812万元投资入股成立C房地产公司，并于2008年2月28日工商注册正式成立。B学校于2008年8月份向国土部门补交了350亩的土地出让金2400万元，当地政府返还投资2000万元作为国家资本金给B学校，用于支持学校建设。B学校于2009年6月把在C公司的股权以1.1亿元转让给了D公司。
请问：1、B学校应该如何缴纳土地增值税和企业所得税？土地增值税收入是以投资入股时的收入额8812万元计征，还是以最后股权转让时的收入额1.1亿元计征？
2、如果B学校以土地评估作价入股8812万元作为计征土地增值税的依据，补交的2400万元土地出让金是否可以计入土地成本，该块土地还有一些拆迁费用未列支，是否可以列入或预提计入土地的成本？
答：《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）*9条规定，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第五条规定，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）*9条暂免征收土地增值税的规定。
根据上述规定，企业应当在将土地使用权投资时计算缴纳土地增值税。在计算土地投资时应当以投资额作为收入额，而补交的土地出让金作为土地成本。而企业最终转让的是股权，不是土地使用权，因而在转让股权环节不存在缴纳土地增值税的问题。
另外，《土地增值税暂行条例》第六条规定，取得土地使用权所支付的金额以及开发土地的成本、费用；可以在计算土地增值税时扣除。
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用。开发土地和新建房及配套设施（以下简称房增开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房增开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
就上述规定分析，在计算转让土地使用权增值额时，折迁费用可以作为土地增值税的扣除项目进行扣除。