如何正确掌握免税收入的所得税处理？

问：《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第六条规定，企业取得的各项免税收入所对应的各项成本费用，除另有规定者外可以在计算企业应纳税所得额时扣除。请问“除另有规定者外”指的是哪些？
另外，企业根据《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）文*9条*9款规定，软件生产企业实行增值税即征即退政策所退还的税款，由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。请问此收入是属于“不征税收入”还是“免税收入”？其所对应的费用可否在计算应纳税所得额时扣除？
《吉林省国家税务局关于企业所得税若干业务问题的通知》（吉国税发[2009]65号）规定，福利企业收到的即征即退的增值税为“不征税收入”，其发生的费用可否在计算应纳税所得额时扣除？
答：1、《企业所得税法实施条例》第二十八条第三款规定，除企业所得税法和本条例另有规定外，企业实际发生的成本、费用、税金、损失和其他支出，不得重复扣除。
对于这种“除企业所得税法和本条例另有规定”的情况，应指《企业所得税法》与实施条例中所规定的可以加计扣除（如研发费用与残疾人工资的加计扣除，就属于一种支出重复扣除）的情况。但需要注意的是，此处的例外情况是指不得重复扣除，同种支出只能扣除一次。
2、《企业所得税法实施条例》第二十六条第三款规定，企业所得税法第七条第（三）项所称国务院规定的其他不征税收入，是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。
《企业所得税法》中已经明确了免税收入的界定与范围，即：第二十六条规定，企业的下列收入为免税收入：
（一）国债利息收入；
（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；
（三）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；
（四）符合条件的非营利公益组织的收入。
根据上述规定，软件生产企业退还的增值税收入不属于上述规定的免税收入范围。
《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）*9条*9款规定，软件生产企业实行增值税征即退政策所得税退还的税款，由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。
第七条规定，收入总额中的下列收入为不征税收入：
（一）财政拨款；
（二）依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；
（三）国务院规定的其他不征税收入。
根据上述规定，软件生产企业的退还增值税收入属于不征税收入，对于不征税收入应按《企业所得税法实施条例》第二十八条第二款规定“企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。”执行，即对于企业用返还的增值税税款支出所形成的费用或者财产不得扣除相应的折旧、摊销。
3、《吉林省国家税务局关于企业所得税若干业务问题的通知》（吉国税发[2009]65号）关于减免返还的各种税收征收企业所得税问题规定，对企业取得的由国务院、财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收（不包括企业按规定取得的出口退税款），准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。其中，对企业按照《财政部、国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》（财税[2007]92号）文件规定取得的增值税退税或营业税减税收入，暂按国务院财政、税务主管部门规定有专项用途处理，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
根据上述规定，对于福利企业收到的增值税退税款作为不征税收入，则也应按上述企业所得税法实施条例中第二十八条第二款规定进行处理，即对于不征税收入用于支出所形成的费用或者财产不得扣除。