合作建房如何进行土地增值税清算？

问：我公司是房地产开发企业，2007年与本地粮食局签订合同，约定粮食局出地，我公司出资，合作建房，建成后按比例分配；2008年房屋建成，面积为20000平方米，我公司分得16000平方米，粮食局4000平方米，并办理了房产证。此项目建筑总成本为8000万元，建筑支出均为我公司支出，建筑发票及相关费用发票抬头均为我公司名称。2008年底土地增值税汇算清缴，请问我公司房地产开发成本应该是8000万元，还是按分房比例为6400万元（8000÷20000×16000）？我公司本次汇算的可售面积和总面积分别是多少？粮食局土地契税及取得土地的相关费用是否可以进入我公司土地增值税的汇算？
答：1、关于合作建房土地增值税计算。
对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房。总建筑面积为20000平方米，房地产开发企业分得面积16000平方米，粮食局4000平方米，房地产开发成本为8000万。
纳税人按规定分别进行土地增值税清算，应按扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
单位建筑面积成本费用：8000万元÷20000平方米=4000元。
房地产开发面积和成本分摊：房地产开发企业面积16000平方米，开发成本6400万元（4000×16000）。粮食局面积4000平方米，开发成本1600万元（4000元×4000）。
2、关于合作建房扣除项目问题。
《土地增值税暂行条例》及实施细则第六条规定，计算增值额的扣除项目：（一）取得土地使用权所支付的金额；……取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一法规缴纳的有关费用。
房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除问题。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第五条规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定缴纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
根据上述规定，粮食局为取得土地使用权所支付的契税和按国家统一规定缴纳的有关费用可以作为计算增值额的扣除项目。