房屋过户如何纳税？

问：我单位为银行金融机构，2001年转让购置的一套房屋，买方付部分现金，其余部分款项以在我行取得的贷款来支付。基于此种情况，我行一直未将该房屋过户给买方。2009年3月买方将全部贷款本息归还，2010年我行准备将房屋过户给买方，到房管局办理过户手续时房管局要代征房产税等税费。请问我行需要支付吗？另外，根据《财政部、国家税务总局关于财税[2003]16号文件执行时间有关问题的通知》（财税[2004]206号）规定，财税[2003]16号文件自2003年1月1日起执行，2003年1月1日之前有关涉税事宜仍按原政策规定执行。我行这种情况是否属2003年1月1日之前有关涉税事项？
答：企业转让房屋发生于2001年，应适用原来的《营业税暂行条例》及细则。
《营业税暂行条例实施细则》（财法字[1993]40号）第二十八条规定，纳税人转让土地使用权或者销售不动产，采用预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天。
因而，对于问题所述的房屋转让营业税纳税义务发生时间，应于2001年销售方取得预收款的当天，而不是2010年真正房产过户时。
此外，问题所述对于《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）文件执行规定，企业确属于2003年1月1日前发生了房屋转让，但对于企业转让该房产的纳税义务发生时间应按93版的《营业税暂行条例》及细则进行税务处理，在条例中对于销售不动产的纳税义务规定得已经很明确：《营业税暂行条例实施细则》（财法字[1993]40号）第四条规定，纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产，按照营业额和规定的税率计算应纳税额。应纳税额计算公式：应纳税额=营业额×税率应纳税额以人民币计算。纳税人以外汇结算营业额的，应当按外汇市场价格折合成人民币计算。
我们理解，问题所述含义是指《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）中第五条关于纳税义务发生时间问题的规定“单位和个人提供应税劳务、转让专利权、非专利技术、商标权、著作权和商誉时，向对方收取的预收性质的价款（包括预收款、预付款、预存费用、预收定金等，下同），其营业税纳税义务发生时间以按照财务会计制度的规定，该项预收性质的价款被确认为收入的时间为准。”
但请注意的是，上述纳税义务发生时间中并不包括销售不动产，因而对于问题所述的销售不动产中预收价款确认纳税义务发生时间规定不适用上述规定。
至于问题所述房管局代征房产税问题，房屋销售转让环节不发生房产税纳税义务，但可能会涉及到营业税、契税、印花税等。