代开运输业发票是否必须预征企业所得税？

问：我公司是集团公司的一个二级单位，独立法人，一般纳税人资格，主业是物资采购销售，同时有运输业务。我公司在地税部门代开公路内河运输发票时，地税局要征收营业税及附加、以及企业所得税（按营业额的2.5%征收），但是我单位的所得税在国税局申报缴纳。请问地税局是否必须在代开票时预征企业所得税，如要预征，年末国税在所得税汇算清缴时能否列示到已缴所得税税金中？
答：地税机关代开运输发票时，应符合《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第四条关于货运发票开具问题规定，按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3.3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。[注：根据《国家税务总局关于调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的通知》（国税函[2008]819号），本文第四条（一）项中“按开票金额3.3%预征所得税”自2008.01.01日起停止执行。修改为2.5%]第六条关于企业所得税征收问题规定，对2002年以后新办的货物运输业代开票纳税人的所得税，由代开票单位在代开货物运输业发票时统一入库。
另外，对代开运输发票过程中，按规定预征的企业所得税处理，应依照《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）文件规定：
一、由国家税务局负责征收管理企业所得税，但由地方税务局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，其按照法律法规规定应退的企业所得税，退税事项由主管国家税务局办理，可直接抵缴该纳税人次年应纳企业所得税，也可在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国家税务局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务局办理退税事项。
二、上述纳税人的退税事项在每年汇算清缴时予以结算办理。
三、根据《国家税务总局关于印发〈核定征收企业所得税暂行办法〉的通知》（国税发[2000]38号）有关规定，对实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。
贵公司所缴纳的预征企业所得税，应在申报表中的“已缴纳所得税”中列示。