股权整体转让如何缴税？

问：甲公司于2007年收购乙公司，双方签订股权整体转让协议，乙公司注册资金为560万元，其他负债110万元，资产总额962万元。经协商甲公司以2800万元支付乙公司。已取得股权公司名称未改变。2010年甲公司准备将乙公司土地进行开发。请问1、股权转让应缴哪些税种？2、开发成本应按962万元计算，还是按2800万元计算？
答：1、股权转让涉及营业税、印花税、企业所得税及土地增值税。
（1）营业税：根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）第二条规定，对股权转让不征收营业税。
因而，股权转让不需缴纳营业税。
（2）印花税：《印花税暂行条例》中税目税率表中所载“产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用权、专利权、专有技术使用权等转移书据”。
《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发[1991]155号）第十条“产权转移书据”税目中“财产所有权”转移书据的征税范围如何划定？
‘财产所有权’转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。“
因而，股权转让应按上述规定缴纳印花税。
（3）企业所得税：《国企业所得税法》第六条“企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：（三）转让财产收入；”
《企业所得税法实施条例》（2007）第十六条“企业所得税法第六条第（三）项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。”
因而，对于股权转让的收入应并入企业所得税收入中进行计算。
（4）土地增值税《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）规定“你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报[2000]32号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”
因而，对于您所述的情形，如果股权形式表现的资产主要是土地使用权则还需要缴纳土地增值税。
2、取得土地成本：我们理解您要问的是在计算土地增值税时如何确认该土地的取得成本。
《土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目：（一）取得土地使用权所支付的金额；《土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一法规缴纳的有关费用。
因而，对于贵企业的开发成本在计算土地增值税时应按上述规定进行确认，同时，对于扣除取得土地使用权所支付的金额须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。